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1、(19)中华人民共和国国家知识产权局 (12)发明专利 (10)授权公告号 (45)授权公告日 (21)申请号 201510736738.9 (22)申请日 2015.11.03 (65)同一申请的已公布的文献号 申请公布号 CN 105256044 A (43)申请公布日 2016.01.20 (73)专利权人 中国农业科学院作物科学研究所 地址 100081 北京市海淀区中关村南大街 12号重大工程楼501室 (72)发明人 高丽锋孔秀英贾继增 (74)专利代理机构 北京纪凯知识产权代理有限 公司 11245 代理人 关畅白艳 (51)Int.Cl. C12Q 1/6895(2018.01。
2、) C12N 15/11(2006.01) (56)对比文件 WO 2005/000006 A2,2005.01.06, CN 103952402 A,2014.07.30, 高丽锋等.小麦SNP分子条形码的开发与利 用. 第六届全国小麦基因组学及分子育种大 会 .2015,129. 审查员 刘超 (54)发明名称 一种基于单核苷酸多态性的小麦分子条形 码 (57)摘要 本发明公开了一种基于单核苷酸多态性的 小麦分子条形码。 本发明提供了检测小麦基因组 中43个SNP位点的多态性或基因型的物质在鉴定 或辅助鉴定小麦品种中的应用； 本研究拟利用目 前高通量SNP芯片， 从中筛选出数量最小、 分辨。
3、率 最强的一套SNP标记作为条形码， 提高小麦育种 和科研对小麦资源的利用效率。 权利要求书6页 说明书35页 序列表19页 附图3页 CN 105256044 B 2019.01.22 CN 105256044 B 1.检测小麦基因组中43个SNP位点的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定小麦品 种中的应用； 或检测小麦基因组中43个SNP位点的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定小 麦品种的试剂盒中的应用； 所述43个SNP位点为如下： IWA530、 IWA2783、 IWA5405、 IWA5186、 IWA4153、 IWA4154、 IWA4155、 IWA4031、 IWA6。
4、95、 IWA4525、 IWA4884、 IWA2938、 IWA2442、 IWA4323、 IWA2961、 IWA5285、 IWA5106、 IWA2037、 IWA8303、 IWA662、 IWA5618、 IWA6279、 IWA3710、 IWA2124、 IWA3835、 IWA3011、 IWA1691、 IWA4854、 IWA5375、 IWA4805、 IWA5326、 IWA1755、 IWA2698、 IWA6526、 IWA7177、 IWA224、 IWA8380、 IWA3312、 IWA2476、 IWA2506、 IWA4187、 IWA1437和 I。
5、WA304； 所述SNP位点IWA530为序列1第51位核苷酸； 所述SNP位点IWA2783为序列2第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA5405为序列3第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA5186为序列4第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA4153为序列5第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA4154为序列6第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA4155为序列7第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA4031为序列8第43位核苷酸； 所述SNP位点IWA695为序列9第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA4525为序列10第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA4884为序。
6、列11第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA2938为序列12第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA2442为序列13第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA4323为序列14第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA2961为序列15第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA5285为序列16第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA5106为序列17第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA2037为序列18第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA8303为序列19第26位核苷酸； 所述SNP位点IWA662为序列20第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA5618为序列21第101位核苷酸；。
7、 所述SNP位点IWA6279为序列22第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA3710为序列23第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA2124为序列24第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA3835为序列25第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA3011为序列26第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA1691为序列27第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA4854为序列28第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA5375为序列29第101位核苷酸； 权利要求书 1/6 页 2 CN 105256044 B 2 所述SNP位点IWA4805为序列30第101位核苷酸； 所述SNP位点。
8、IWA5326为序列31第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA1755为序列32第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA2698为序列33第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA6526为序列34第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA7177为序列35第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA224为序列36第61位核苷酸； 所述SNP位点IWA8380为序列37第51位核苷酸； 所述SNP位点IWA3312为序列38第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA2476为序列39第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA2506为序列40第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA4187为序列41第。
9、101位核苷酸； 所述SNP位点IWA1437为序列42第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA304为序列43第61位核苷酸。 2.检测小麦基因组中43个SNP位点的多态性或基因型的物质在区分或辅助区分小麦品 种中的应用； 或检测小麦基因组中43个SNP位点的多态性或基因型的物质在制备区分或辅助区分小 麦品种产品中的应用； 所述43个SNP位点为如下： IWA530、 IWA2783、 IWA5405、 IWA5186、 IWA4153、 IWA4154、 IWA4155、 IWA4031、 IWA695、 IWA4525、 IWA4884、 IWA2938、 IWA2442、 IWA432。
10、3、 IWA2961、 IWA5285、 IWA5106、 IWA2037、 IWA8303、 IWA662、 IWA5618、 IWA6279、 IWA3710、 IWA2124、 IWA3835、 IWA3011、 IWA1691、 IWA4854、 IWA5375、 IWA4805、 IWA5326、 IWA1755、 IWA2698、 IWA6526、 IWA7177、 IWA224、 IWA8380、 IWA3312、 IWA2476、 IWA2506、 IWA4187、 IWA1437和 IWA304； 所述SNP位点IWA530为序列1第51位核苷酸； 所述SNP位点IWA278。
11、3为序列2第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA5405为序列3第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA5186为序列4第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA4153为序列5第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA4154为序列6第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA4155为序列7第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA4031为序列8第43位核苷酸； 所述SNP位点IWA695为序列9第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA4525为序列10第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA4884为序列11第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA2938为序列12第101位核苷酸； 所述SN。
12、P位点IWA2442为序列13第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA4323为序列14第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA2961为序列15第101位核苷酸； 权利要求书 2/6 页 3 CN 105256044 B 3 所述SNP位点IWA5285为序列16第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA5106为序列17第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA2037为序列18第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA8303为序列19第26位核苷酸； 所述SNP位点IWA662为序列20第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA5618为序列21第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA6279。
13、为序列22第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA3710为序列23第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA2124为序列24第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA3835为序列25第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA3011为序列26第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA1691为序列27第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA4854为序列28第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA5375为序列29第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA4805为序列30第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA5326为序列31第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA1755为序列32第101位。
14、核苷酸； 所述SNP位点IWA2698为序列33第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA6526为序列34第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA7177为序列35第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA224为序列36第61位核苷酸； 所述SNP位点IWA8380为序列37第51位核苷酸； 所述SNP位点IWA3312为序列38第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA2476为序列39第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA2506为序列40第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA4187为序列41第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA1437为序列42第101位核苷酸； 所述SNP位点I。
15、WA304为序列43第61位核苷酸。 3.检测小麦基因组中43个SNP位点的多态性或基因型的物质在小麦品种分类中的应 用； 或检测小麦基因组中43个SNP位点的多态性或基因型的物质在制备小麦品种分类产品 中的应用； 所述43个SNP位点为如下： IWA530、 IWA2783、 IWA5405、 IWA5186、 IWA4153、 IWA4154、 IWA4155、 IWA4031、 IWA695、 IWA4525、 IWA4884、 IWA2938、 IWA2442、 IWA4323、 IWA2961、 IWA5285、 IWA5106、 IWA2037、 IWA8303、 IWA662、 。
16、IWA5618、 IWA6279、 IWA3710、 IWA2124、 IWA3835、 IWA3011、 IWA1691、 IWA4854、 IWA5375、 IWA4805、 IWA5326、 IWA1755、 IWA2698、 IWA6526、 IWA7177、 IWA224、 IWA8380、 IWA3312、 IWA2476、 IWA2506、 IWA4187、 IWA1437和 IWA304； 所述SNP位点IWA530为序列1第51位核苷酸； 权利要求书 3/6 页 4 CN 105256044 B 4 所述SNP位点IWA2783为序列2第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA。
17、5405为序列3第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA5186为序列4第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA4153为序列5第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA4154为序列6第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA4155为序列7第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA4031为序列8第43位核苷酸； 所述SNP位点IWA695为序列9第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA4525为序列10第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA4884为序列11第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA2938为序列12第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA2442为序列13第101位核苷酸； 。
18、所述SNP位点IWA4323为序列14第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA2961为序列15第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA5285为序列16第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA5106为序列17第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA2037为序列18第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA8303为序列19第26位核苷酸； 所述SNP位点IWA662为序列20第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA5618为序列21第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA6279为序列22第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA3710为序列23第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA21。
19、24为序列24第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA3835为序列25第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA3011为序列26第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA1691为序列27第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA4854为序列28第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA5375为序列29第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA4805为序列30第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA5326为序列31第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA1755为序列32第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA2698为序列33第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA6526为序列34第10。
20、1位核苷酸； 所述SNP位点IWA7177为序列35第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA224为序列36第61位核苷酸； 所述SNP位点IWA8380为序列37第51位核苷酸； 所述SNP位点IWA3312为序列38第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA2476为序列39第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA2506为序列40第101位核苷酸； 权利要求书 4/6 页 5 CN 105256044 B 5 所述SNP位点IWA4187为序列41第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA1437为序列42第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA304为序列43第61位核苷酸。 4.一种对多。
21、个待测小麦进行品种分类的方法， 包括如下步骤： 分别检测多个待测小麦 基因组所述43个SNP位点基因型， 根据所述多个待测小麦43个SNP位点基因型是否相同， 确 定所述多个待测小麦中哪些属于一类； 所述43个SNP位点为如下： IWA530、 IWA2783、 IWA5405、 IWA5186、 IWA4153、 IWA4154、 IWA4155、 IWA4031、 IWA695、 IWA4525、 IWA4884、 IWA2938、 IWA2442、 IWA4323、 IWA2961、 IWA5285、 IWA5106、 IWA2037、 IWA8303、 IWA662、 IWA5618、。
22、 IWA6279、 IWA3710、 IWA2124、 IWA3835、 IWA3011、 IWA1691、 IWA4854、 IWA5375、 IWA4805、 IWA5326、 IWA1755、 IWA2698、 IWA6526、 IWA7177、 IWA224、 IWA8380、 IWA3312、 IWA2476、 IWA2506、 IWA4187、 IWA1437和 IWA304； 所述SNP位点IWA530为序列1第51位核苷酸； 所述SNP位点IWA2783为序列2第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA5405为序列3第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA5186为序列4第10。
23、1位核苷酸； 所述SNP位点IWA4153为序列5第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA4154为序列6第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA4155为序列7第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA4031为序列8第43位核苷酸； 所述SNP位点IWA695为序列9第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA4525为序列10第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA4884为序列11第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA2938为序列12第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA2442为序列13第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA4323为序列14第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA。
24、2961为序列15第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA5285为序列16第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA5106为序列17第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA2037为序列18第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA8303为序列19第26位核苷酸； 所述SNP位点IWA662为序列20第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA5618为序列21第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA6279为序列22第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA3710为序列23第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA2124为序列24第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA3835为序列25第10。
25、1位核苷酸； 所述SNP位点IWA3011为序列26第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA1691为序列27第101位核苷酸； 权利要求书 5/6 页 6 CN 105256044 B 6 所述SNP位点IWA4854为序列28第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA5375为序列29第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA4805为序列30第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA5326为序列31第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA1755为序列32第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA2698为序列33第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA6526为序列34第101位核苷酸； 所。
26、述SNP位点IWA7177为序列35第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA224为序列36第61位核苷酸； 所述SNP位点IWA8380为序列37第51位核苷酸； 所述SNP位点IWA3312为序列38第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA2476为序列39第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA2506为序列40第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA4187为序列41第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA1437为序列42第101位核苷酸； 所述SNP位点IWA304为序列43第61位核苷酸。 权利要求书 6/6 页 7 CN 105256044 B 7 一种基于单核苷酸多态性的小麦。
27、分子条形码 技术领域 0001 本发明涉及生物技术领域， 尤其涉及一种基于单核苷酸多态性的小麦分子条形 码。 背景技术 0002 DNA指纹图谱技术已经被广泛用于作物材料鉴定、 分析和品种保护(Wang 2006). 作为DNA指纹图谱的分子标记经历了三个阶段： 第一代分子标记是限制性片段长度多态性 (RFLP)， 但其操作复杂、 多态性低和花费高， 利用时间较短(Grover&Sharma 2015)； 第二代 分子标记是简单序列重复(SSR)， 其操作相对简单、 多态性较高和成本较低， 因此被广泛应 用于作物遗传研究(Wu&Tanksley 1993； Brunel 1994；al.199。
28、8)； SNP是第三代分 子标记， 随着下一代测序技术的发展和全基因组测序成本逐步降低， 许多重要作物全基因 组测序完成， 产生了大量的SNP数据并据此开发了SNP芯片(Cavanagh et al.2013； Chen et al.2014； Mondenet al.201； Unterseeret al.2014； Wang et al.2014； Hulse-Kemp et al.2015； Lee et al.2015； )。 SNP芯片操作流程标准化， 不同实验室间产生的数据具有可比 性。 理论上讲， 芯片上布列的SNP点在染色体或基因组上的位置是唯一的， 从而在很大程度 上避免了多。
29、拷贝数基因SNP带来的分型困扰。 这点对于普通小麦这样的多倍体物种尤其重 要。 近年来， 已经陆续有几款小麦SNP芯片产品， 如illumina公司推出的9K、 90K SNP芯片和 Affymetrix公司推出的35K、 817K和660K SNP芯片。 这些小麦SNP芯片已经用于小麦群体结 构、 遗传变异、 选择进化与全基因组关联分析(Cavanagh et al.2013； Fariset al.2014； Wang et al.2014； Zanke et al.,2015). 发明内容 0003 本发明一个目的是提供检测小麦基因组中43个SNP位点的多态性或基因型的物质 的用途。 0。
30、004 本发明提供检测小麦基因组中43个SNP位点的多态性或基因型的物质在鉴定或辅 助鉴定小麦品种中的应用； 0005 或检测小麦基因组中43个SNP位点的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴 定小麦品种的试剂盒中的应用； 0006 所述43个SNP位点为如下： IWA530、 IWA2783、 IWA5405、 IWA5186、 IWA4153、 IWA4154、 IWA4155、 IWA4031、 IWA695、 IWA4525、 IWA4884、 IWA2938、 IWA2442、 IWA4323、 IWA2961、 IWA5285、 IWA5106、 IWA2037、 IWA8303。
31、、 IWA662、 IWA5618、 IWA6279、 IWA3710、 IWA2124、 IWA3835、 IWA3011、 IWA1691、 IWA4854、 IWA5375、 IWA4805、 IWA5326、 IWA1755、 IWA2698、 IWA6526、 IWA7177、 IWA224、 IWA8380、 IWA3312、 IWA2476、 IWA2506、 IWA4187、 IWA1437和 IWA304。 0007 上述应用中， 鉴定或辅助鉴定小麦品种为鉴定或辅助鉴定待测小麦是否为表2和/ 或表3所示某个小麦品种， 具体方法包括如下步骤： 检测待测小麦品种基因组所述43个S。
32、NP 说明书 1/35 页 8 CN 105256044 B 8 位点基因型， 将所述待测小麦品种43个SNP位点基因型与表2和/或表3所示每个小麦品种的 43个SNP位点基因型进行比较， 确定待测小麦是否为表2和/或表3所示某个小麦品种。 0008 本发明另一个目的是提供检测小麦基因组中43个SNP位点的多态性或基因型的物 质的用途。 0009 本发明提供检测小麦基因组中43个SNP位点的多态性或基因型的物质在区分或辅 助区分小麦品种中的应用； 0010 或检测小麦基因组中43个SNP位点的多态性或基因型的物质在制备区分或辅助区 分小麦品种产品中的应用。 0011 上述应用中， 区分或辅助区。
33、分小麦品种为区分表2和/或表3所示至少两个品种， 具 体方法包括如下步骤： 检测表2和/或表3所示至少两个品种基因组所述43个SNP位点基因 型， 比对所述两个品种43个SNP位点基因型， 区分表2和/或表3所示至少两个品种。 0012 本发明第三个目的是提供检测小麦基因组中43个SNP位点的多态性或基因型的物 质的用途。 0013 本发明提供检测小麦基因组中43个SNP位点的多态性或基因型的物质在小麦品种 分类中的应用； 0014 或检测小麦基因组中43个SNP位点的多态性或基因型的物质在制备小麦品种分类 产品中的应用。 0015 上述应用中， 0016 所述SNP位点IWA530为序列1第。
34、51位核苷酸； 0017 所述SNP位点IWA2783为序列2第101位核苷酸； 0018 所述SNP位点IWA5405为序列3第101位核苷酸； 0019 所述SNP位点IWA5186为序列4第101位核苷酸； 0020 所述SNP位点IWA4153为序列5第101位核苷酸； 0021 所述SNP位点IWA4154为序列6第101位核苷酸； 0022 所述SNP位点IWA4155为序列7第101位核苷酸； 0023 所述SNP位点IWA4031为序列8第43位核苷酸； 0024 所述SNP位点IWA695为序列9第101位核苷酸； 0025 所述SNP位点IWA4525为序列10第101位核。
35、苷酸； 0026 所述SNP位点IWA4884为序列11第101位核苷酸； 0027 所述SNP位点IWA2938为序列12第101位核苷酸； 0028 所述SNP位点IWA2442为序列13第101位核苷酸； 0029 所述SNP位点IWA4323为序列14第101位核苷酸； 0030 所述SNP位点IWA2961为序列15第101位核苷酸； 0031 所述SNP位点IWA5285为序列16第101位核苷酸； 0032 所述SNP位点IWA5106为序列17第101位核苷酸； 0033 所述SNP位点IWA2037为序列18第101位核苷酸； 0034 所述SNP位点IWA8303为序列19。
36、第26位核苷酸； 0035 所述SNP位点IWA662为序列20第101位核苷酸； 0036 所述SNP位点IWA5618为序列21第101位核苷酸； 说明书 2/35 页 9 CN 105256044 B 9 0037 所述SNP位点IWA6279为序列22第101位核苷酸； 0038 所述SNP位点IWA3710为序列23第101位核苷酸； 0039 所述SNP位点IWA2124为序列24第101位核苷酸； 0040 所述SNP位点IWA3835为序列25第101位核苷酸； 0041 所述SNP位点IWA3011为序列26第101位核苷酸； 0042 所述SNP位点IWA1691为序列27。
37、第101位核苷酸； 0043 所述SNP位点IWA4854为序列28第101位核苷酸； 0044 所述SNP位点IWA5375为序列29第101位核苷酸； 0045 所述SNP位点IWA4805为序列30第101位核苷酸； 0046 所述SNP位点IWA5326为序列31第101位核苷酸； 0047 所述SNP位点IWA1755为序列32第101位核苷酸； 0048 所述SNP位点IWA2698为序列33第101位核苷酸； 0049 所述SNP位点IWA6526为序列34第101位核苷酸； 0050 所述SNP位点IWA7177为序列35第101位核苷酸； 0051 所述SNP位点IWA224。
38、为序列36第61位核苷酸； 0052 所述SNP位点IWA8380为序列37第51位核苷酸； 0053 所述SNP位点IWA3312为序列38第101位核苷酸； 0054 所述SNP位点IWA2476为序列39第101位核苷酸； 0055 所述SNP位点IWA2506为序列40第101位核苷酸； 0056 所述SNP位点IWA4187为序列41第101位核苷酸； 0057 所述SNP位点IWA1437为序列42第101位核苷酸； 0058 所述SNP位点IWA304为序列43第61位核苷酸。 0059 本发明第四个目的是提供一种对多个待测小麦进行品种分类的方法。 0060 本发明提供的方法， 。
39、包括如下步骤： 分别检测多个待测小麦基因组所述43个SNP位 点基因型， 根据所述多个待测小麦43个SNP位点基因型是否相同， 确定所述多个待测小麦中 哪些属于一类。 0061 上述多个待测小麦为至少2个待测小麦； 0062 上述待测小麦为表2所示的品种或表3所示的品种中任一个。 0063 本发明第五个目的是提供检测小麦基因组中43个SNP位点的多态性或基因型的物 质。 0064 本发明提供的物质， 为a)-c)中的任一种产品： 0065 a)鉴定或辅助鉴定小麦品种的产品； 0066 b)区分或辅助区分小麦品种； 0067 c)小麦品种分类产品。 0068 上 述 检 测小 麦 基因 组 中 。
40、4 3 个 S N P 位 点的 多 态 性 或 基 因 型的 物 质包 括 InfiniumBeadchip平台和扫描Illumina wheat 9K Infinium Assay芯片。 0069 上述小麦为表2所示的品种或表3所示的品种中任一个。 0070 本发明的实验证明， 本发明发现了43个SNP位点， 其可用于鉴定、 区分或分类表2 和/或表3所示的品种， 提高小麦育种和科研对小麦资源的利用效率。 说明书 3/35 页 10 CN 105256044 B 10 附图说明 0071 图1为小麦SNP条形码筛选流程。 0072 图2为43个SNP条形码在染色体上的分布。 0073 图3。
41、为43个SNP条形码标记连锁不平衡(LD)图谱。 0074 图4为表2的UPGMA树状图显示43个SNP条形码高分辨率。 0075 图5为43个SNP条形码分辨普通小麦的二维码。 具体实施方式 0076 下述实施例中所使用的实验方法如无特殊说明， 均为常规方法。 0077 下述实施例中所用的材料、 试剂等， 如无特殊说明， 均可从商业途径得到。 0078 实施例1、 SNP位点的筛选 0079 本实施例用的小麦由表2所示的429份普通小麦组成， 这些小麦包括地方品种和现 代育成品种， 从上世纪30年代起广泛种植于我国小麦栽培区域。 这些材料携带重要农艺性 状基因， 例如抗条锈病、 纹枯病或赤霉。
42、病基因， 抗旱、 耐湿耐盐碱基因、 优质、 大粒、 大穗、 矮 秆基因等等优异性状。 除此之外， 一些材料作为骨干亲本， 育成了一批小麦品种。 第一套材 料用于筛选SNP条形码。 0080 1、 SNP标记筛选 0081 1)提取DNA 0082 所有表2所示的供试材料挑选饱满籽粒， 于室温发芽， 待幼苗生长一周后， 用DNA提 取试剂盒(CN.DP321北京天根生物技术公司)， 按照操作说明， 提取幼苗DNA。 0083 2)基因型检测 0084 DNA样品经过质量检测合格后(1.8OD260/2802.0)， 利用Infinium Beadchip平 台， 扫描Illumina wheat。
43、 9K Infinium iSelect SNP Assay(Illumina， San Diego， CA， Cavanagh et al.2013)芯片， 检测这些材料基因型。 0085 在分析9K SNP芯片时， 为了验证基因型分型结果的正确性， 对小麦品种偃展1号材 料人为设计重复1次。 在基因型数据整理时， 首先将偃展1号两个重复中基因型不一致的SNP 全部被删除。 然后， 从那些具有典型的AA、 AB、 BB三种基因型模式的SNP位点中(其中AA、 BB为 纯合基因型， AB为杂合基因型)， 只保留典型的二态SNP， 因为二态SNP是单核苷酸多态性标 记最常见类型并根据Cavana。
44、gh等(2013)的方法校正原始数据。 经过上述最初过滤后， 在第 一套材料429份小麦品种中保留了3489个有效SNP位点， 这些SNP将被用于SNP条形码筛选。 0086 基于429份材料的SNP条形码筛选流程见图1。 首先， 利用PowerMarker软件， 分析 3489个SNP的特征， 将单态或缺失数据超过10的SNP位点删除， 然后计算剩余SNP位点的 PIC值， 保留50个PIC值最高的SNP位点。 然后， 利用这50个SNP位点429份材料的基因型， 用 UPGMA方法构建树状图， 以检测这些SNP标记对材料的分辨率。 结果显示， 虽然选择PIC值最 高的SNP标记， 但是一些。
45、材料还是无法区分开。 其中， 364份材料(84.8)可以明显相互区分 开。 其余15的材料由于亲缘关系近而无法区分。 例如， 扬麦5号来自阿夫系选， 而良星66和 良星99具有共同的亲本供体济91102。 0087 之后， 根据上述UPGMA树状图给出的无法区分的材料， 单独将这些材料两两比较， 说明书 4/35 页 11 CN 105256044 B 11 筛选可以区别亲缘关系很近材料的SNP标记， 加入之前50个SNP位点中， 同时逐步删减非材 料甄别特异标记， 每次删减SNP位点后都用UPGMA树状图查看保留SNP位点的分辨率。 最终， 筛选出43个SNP位点(表1)， 且这43个SN。
46、P位点能够表2所示的429份普通小麦完全区分开(表 2和图4)。 充分表明43个SNP标记的有效性， 每份材料都有其唯一的特意的指纹图谱， 从而有 别于其他材料(图3)。 429份小麦材料中， 绵麦1403和绵麦23遗传距离最近(0.023)， 农大311 与泰山4号遗传距离最远(1.6818)。 UPGMA树状图显示43个SNP条形码高分辨率， 而429份材 料的指纹图谱显示这些种质蕴含的丰富的遗传多样性。 每份材料43个SNP条形码指纹图谱 转化成二维码， 便于用手机扫描(图5)。 0088 表1为43SNP条形码信息及其在第一套材料中的多态性 说明书 5/35 页 12 CN 10525。
47、6044 B 12 0089 0090 a SNP编号， 染色体位置信息， SNP类型及I型和II型变化来自文献Cavanagh等 说明书 6/35 页 13 CN 105256044 B 13 (2013)和Wang等(2014)； 0091 b PIC,polymorphism information content多态信息含量； MAF,minor allele frequency最小等位基因频率 0092 说明书 7/35 页 14 CN 105256044 B 14 0093 说明书 8/35 页 15 CN 105256044 B 15 0094 说明书 9/35 页 16 CN 。
48、105256044 B 16 0095 说明书 10/35 页 17 CN 105256044 B 17 0096 说明书 11/35 页 18 CN 105256044 B 18 0097 说明书 12/35 页 19 CN 105256044 B 19 0098 说明书 13/35 页 20 CN 105256044 B 20 0099 说明书 14/35 页 21 CN 105256044 B 21 0100 说明书 15/35 页 22 CN 105256044 B 22 0101 说明书 16/35 页 23 CN 105256044 B 23 0102 说明书 17/35 页 24。
49、 CN 105256044 B 24 0103 说明书 18/35 页 25 CN 105256044 B 25 0104 说明书 19/35 页 26 CN 105256044 B 26 0105 说明书 20/35 页 27 CN 105256044 B 27 0106 0107 二、 SNP条形码特征 0108 筛选出的表1所示的43个SNP条形码位点分布在普通小麦21条染色体上(图2， 每条 线代表一个SNP位点 ， 根据最小等位基因频率不同而颜色标注不同 ， 染色体长度 说明书 21/35 页 28 CN 105256044 B 28 (CentiMorgan,cM)标尺在图左侧)， 染色体1B和3B标记相对较多(表1)。 分析发现， 这些SNP 位点间相对独立， 平均LD值较低(R20.1)， 但是， 染色体1B和3B上各2个SNP位点表现为高 度连锁遗传(R20.9， 图3)。 43个SNP位点中， 34个SNP为转换类型(A/G或T/C)， 9个为颠换 (A/C或T/G)， 其中18个SNP位点为同义突变， 13个SNP导致编码的氨基酸突变(表1)。 0109 43个SNP条形码在429份材料中， 最小等位。