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一种分离的5-烯醇丙酮莽草酸-3-磷酸合酶基因.pdf

  • 上传人:xia****o6
  • 文档编号:8714172
  • 上传时间:2020-12-29
  • 格式:PDF
  • 页数:25
  • 大小:5.52MB
  • 摘要
    申请专利号:

    CN201410108595.2

    申请日:

    20140321

    公开号:

    CN103834674B

    公开日:

    20160323

    当前法律状态:

    有效性:

    有效

    法律详情:

    IPC分类号:

    C12N15/54,C12N9/12,C12N1/21,A01H5/00,C12R1/19

    主分类号:

    C12N15/54,C12N9/12,C12N1/21,A01H5/00,C12R1/19

    申请人:

    华中农业大学

    发明人:

    刘子铎,易沭远,林拥军,张利莉,吴高兵

    地址:

    430070 湖北省武汉市洪山区狮子山街1号

    优先权:

    CN201410108595A

    专利代理机构:

    武汉宇晨专利事务所

    代理人:

    张红兵

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    内容摘要

    本发明属于农业微生物基因工程技术领域,具体涉及一种抗草甘膦5-烯醇丙酮莽草酸-3-磷酸合酶(EPSPS)基因的分离鉴定,所述的5-烯醇丙酮莽草酸-3-磷酸合酶(EPSPS)基因的核苷酸序列如SEQ?ID?NO:1所述,该基因编码的蛋白质的序列如SEQ?ID?NO:2所述。5-烯醇丙酮莽草酸-3-磷酸合酶(EPSPS)基因是根据Genbank中报导的放线细菌Isoptericola?Variabilis的aroA基因序列合成得到,包含该基因质粒的重组大肠杆菌LZD002保藏在中国典型培养物保藏中心,其保藏编号为CCTCC?NO:M2013632。经过生物学实验验证,证明该基因对草甘膦具有一定的耐受性。

    权利要求书

    1.SEQIDNO:1所述的5-烯醇丙酮莽草酸-3-磷酸合酶基因在制备抗草甘膦转基因植物中的应用。

    说明书

    技术领域

    本发明属于基因工程领域,具体涉及一种来源于放线细菌基因组的5-烯醇丙酮莽草 酸-3-磷酸合酶(EPSPS)基因的分离,其编码基因为AroA,通过基因重组与遗传转化的 方法,将该基因转入宿主细胞中,使宿主细胞获得耐受草甘膦的能力。本发明涉及该基因 的核苷酸序列和氨基酸序列。

    背景技术

    草甘膦是世界范围内使用最广泛的广谱传导型除草剂,对大多数植物具有灭生性。草 甘膦的理化性质稳定,对人和牲畜低毒,在土壤中残留量低,因此得以大范围的使用。

    莽草酸途径是细菌、真菌、藻类及高等植物中的代谢关键途径,与细胞内芳香族氨基 酸的合成有重要关联。5-烯醇丙酮酸莽草酸-3-磷酸合成酶(EPSPS)是该途径中第六步的 关键酶,催化底物磷酸烯醇式丙酮酸(PEP)和3-磷酸莽草酸(S3P)生成5-烯醇丙酮酸 莽草酸-3-磷酸(BentleyandHaslam1990)。由于草甘膦与EPSPS的作用底物之一PEP的过 渡态具有类似的结构,因此能竞争性地抑制EPSPS的作用。由于草甘膦的作用,细胞内 的分支酸合成受到阻碍,后续的色氨酸(Trp)、酪氨酸(Tyr)、苯丙氨酸(Phe)等芳香族 氨基酸的合成也受到进一步抑制。因此,胞内正常的氮代谢被扰乱,最终导致细胞死亡 (Pollegionietal.2011)。

    目前研究的AroA基因按基因序列特点及抗性特点主要分为两种类型,即I型和II型。 I型的AroA基因主要来源于大肠杆菌(E.coli),沙门氏菌(Aeromonassalmonella),矮牵 牛(Petunia)和拟南芥(Arabidopsisthaliana)等革兰氏阴性菌和植物。I类EPSPS天然 对草甘膦敏感,经诱变改造后可获得一定的草甘膦耐受性,但同时伴随对底物PEP的亲和 力下降;II型AroA基因与I型在序列上相似度很低,且结构差异较大,主要来自根癌农杆 菌CP4(AgrobacteriumtumefaciensCP4),枯草芽孢杆菌(Bacillussubtilis)和假单胞菌属 PG.2982(Pesudomonassp.)等革兰氏阳性菌,对PEP有高亲和力,且天然对草甘膦不敏 感,这一类基因已得到商业应用(Funkeetal.2006)。

    早年由于抗除草剂作物在世界范围内的推广,Ⅱ类AroA基因得到了广泛的研究,近 年新型aroA开始被关注,陆续有与II类基因不同的草甘膦抗性基因被发现(Heinrichsetal. 2012;Sunetal.2005)。对草甘膦抗性较高的AroA基因大多被发掘并申请专利保护,给我 国的实际应用造成很大的局限性。为找到具有自主知识产权的AroA基因,本发明在放线 细菌中分离了新型的AroA基因序列,得到了与同类基因差异较大的草甘膦不敏感AroA基 因。

    发明内容

    本发明的目的是提供一种来自放线细菌基因组的5-烯醇丙酮莽草酸-3-磷酸合酶 (EPSPS)基因的分离鉴定,通过遗传转化方法,将该基因转入宿主细胞中,使宿主细胞 获得耐受草甘膦的能力。

    本发明分离克隆的草甘膦抗性基因AroA来自于放线细菌IsoptericolaVariabilis的aroA 基因序列(GenbankAccessionNumber:YP_004542951)。申请人通过化学合成得到该基因 并将其克隆到大肠杆菌aroA缺失菌株AB2829中。在含150mM草甘膦的M9培养基中该 重组菌株仍能生长。申请人将该分离得到的基因命名为AroAI.vari基因。将AroAI.vari基因转 化到大肠杆菌DH5α中(转化过程参见实施例1中转化的步骤),得到重组大肠杆菌 LZD002,于2013年12月6日送交中国.武汉.武汉大学中国典型培养物保藏中心 (CCTCC)保藏,其保藏号为CCTCCNO:M2013632)。酶学测定结果表明,草甘膦抗性 基因AroAI.vari在pH8.0时活性最高,为该基因转入植物中在偏碱性条件下能正常发挥作用 提供了条件。草甘膦抗性基因AroAI.vari对其天然底物磷酸烯醇式丙酮酸(PEP)的Km值 为28μM,对莽草酸-3磷酸(S3P)的Km值为115μM,对草甘膦的半抑制常数IC50值和 抑制常数Ki值分别为5.4mM和1.2mM.

    将上述草甘膦抗性基因AroAI.vari重组到pGEX-6P-1质粒表达载体(购自美国GE Healthcare公司)并位于GST标签后,可以在大肠杆菌(Escherichiacoli)BL21(DE3)(购自 Invitrogen公司)中进行异源表达,表达出的含GST标签的融合蛋白(命名为GST- EPSPS)大小为73kDa,去掉GST标签后的目的蛋白(EPSPS)大小为47kDa。

    本发明分离克隆的草甘膦抗性基因AroAI.vari的核苷酸序列如序列表SEQIDNO:1所示 序列全长为1374bp,它编码457个氨基酸,将其氨基酸序列与典型的I类AroA氨基酸序 列(AroAE.coli)和典型的II类AroA氨基酸序列(AroACP4)比较,结果显示,AroAI.vari基 因序列与两个代表型AroA基因序列的核苷酸序列同源性最高值仅为35%和29%。 (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov)。根据草甘膦抗性基因AroAI.vari序列的特点申请人将其归类 为I型,是发现的一种新基因。

    附图说明

    序列表SEQIDNO:1:是本发明合成的草甘膦抗性基因AroAIvari的核苷酸序列,序列全 长为1374bp,第1-1374bp处为编码区。

    序列表SEQIDNO:2:本发明分离的草甘膦抗性基因AroAIvari的氨基酸序列,编码457 个氨基酸。

    图1:本发明技术流程图。

    图2:AroAIvari基因的克隆过程。

    图2A是以pUC57-aroAI.vari为模板扩增出的AroAI.vari基因序列;

    图2B将AroAI.vari基因克隆到pGEX-6P-1中得到的重组质粒。

    图3:大肠杆菌DE3(BL21)表达的I.variEPSPS蛋白的SDS-PAGE分析。

    图中泳道1:pGEX-6p-1-AroAI.vari诱导沉淀;

    泳道2:pGEX-6p-1-AroAI.vari诱导上清;

    泳道3:proteinsMarker;

    泳道4:纯化的I.variEPSPS蛋白。

    图4:由南京金斯瑞公司合成的含有AroAI.vari基因的质粒pUC57-AroAI.vari图谱。

    图5:含AroAI.vari基因的重组质粒pGEX-6p-1-AroAI.vari的图谱。

    图6:蛋白质浓度测定标准曲线图。

    图7:无机磷(KH2PO4)标准曲线图。

    图8:最适温度和最适pH测定曲线。图8中A图是最适温度测定曲线,图8中B图是 最适温度测定曲线。

    图9:离子对活性的影响。

    图10:Km(PEP)的测定。

    图11:Km(S3P)的测定。

    图12:半抑制剂量IC50值的测定。

    图13:Ki(glyphosate)的测定。

    图14:含有AroAI.vari基因的大肠杆菌AroA缺陷型菌株AB2829的草甘膦抗性验证的生 长曲线。

    具体实施方式

    实施例15-烯醇丙酮莽草酸-3-磷酸合酶基因的合成与克隆

    (1)AroAI.vari基因序列的合成

    在Genbank数据库获得编码IsoptericolaVariabilis菌株的EPSPS的AroAI.vari基因序列, 由南京金斯瑞公司合成该基因的核苷酸序列1374bp并提供重组质粒pUC57-AroAI.vari(图 4)。其核苷酸序列和编码的氨基酸序列如序列表SEQIDNO:1和SEQIDNO:2所示。

    (2)AroAI.vari基因序列的克隆

    根据AroAI.vari的序列设计引物:在引物5’端添加BamHI酶切位点,在3’端添加酶切 位点EcoRI,所述的引物对的DNA序列如下所示:

    正向引物(5’-AroAI.vari-BamHI):5’-CGCGGATCCATGACGCCAGCGCCCGCCAGC- 3’,其中下划线部分为酶切位点;

    反向引物(3’-AroAI.vari-EcoRI):5’-CCGGAATTCTCAGGCGCCGGCCCCCACGGT-3’, 下划线部分为酶切位点。由南京金斯瑞生物科技有限公司合成。

    以pUC57-AroAI.vari为模板,PCR扩增EPSPS。PCR反应体系如下:

    5×TransStartFastPfubuffer10μL;

    dNTP(10mM)1μL;

    pUC57-AroAI.vari(1μg/μL)1μL;

    正向引物(5’-AroAI.vari-BamHI,10μM)1μL;

    反向引物(3’-AroAI.vari-EcoRI,10μM)1μL;

    TransStartFastPfuDNAPolymerase1μL;

    加双蒸水至50μL;

    PCR反应条件:94℃预变性5min;94℃变性30s,55℃退火30s,72℃延伸450s;30 个循环;72℃延伸10min,4℃保存5min结束。PCR产物电泳的结果如图2中图2A所 示。

    (3)酶解PCR产物和质粒载体pGEX-6p-1构建

    将获得的PCR产物用限制性内切酶BamHI/EcoRI(购自宝生物工程大连有限公司) 进行酶解,酶解体系:60μL中含15μLPCR产物或pGEX-6P-1质粒(购自美国GE Healthcare公司);37μLddH2O,6μL10×HBuffer;1μLBamHI;1μLEcoRI;于37℃放 置过夜。酶切产物的回收使用胶回收试剂盒(购自北京庄盟公司),按照该试剂盒的说明书 回收电泳产物。具体过程是:在紫外灯下将目的条带切下后置于1.5mL的离心管中,每 100mg加入300μL的溶胶液(该试剂盒自带),于55℃水浴锅温浴10min,直到凝胶全 部融化。,将溶胶液加入到2mL吸附管12000rpm,4℃离心1min,加入500uL洗脱液 (该试剂盒自带)离心洗脱1min,再加入700uL洗脱液离心洗脱1min,将缓冲液弃去 后再离心1min尽可能除去乙醇,加入30μL双蒸水洗脱收集DNA。

    将上述酶切后回收的AroAI.vari基因和pGEX-6P-1质粒载体进行连接。10μL连接体系 中含有:经上述过程构建好的含BamHI/EcoRI双酶切位点的pGEX-6P-1质粒载体0.03 nmol;经BamHI/EcoRI双酶切的目的基因0.21nmol;T4DNAligase(购自Transgene公 司)1μL;5×T4DNAligasebuffer2μL;加双蒸水补至10μL,于4℃酶连过夜。取酶连 产物1μL与50μL大肠杆菌感受态细胞DH5α(购自Invitrogen公司)混合,加入到预冷的 1mm电转杯(购自BioRad公司)中,用2.1KV电压电击;然后迅速加入600μL液体LB 培养基,于37℃复苏40min;涂布在含有100μg/mL氨苄青霉素(Ampicillin,购自北京 Transgene公司)的LB平板上,37℃过夜。挑取转化子,接种到液体LB培养基于37℃震 荡培养,抽取质粒并进行电泳验证。

    (4)质粒的提取

    从划线平板上挑取单菌落,用装有5mL含100μg/mLAmpicillin的LB液体培养基的 试管内,37℃震荡培养过夜。用1.5mL离心管收集菌体,12000rpm离心1min,弃上 清,加入200μL溶液Ⅰ(配方:50mM葡萄糖,25mMTris·HCl,补足双蒸水至1L,调 pH至8.0,备用,10mMEDAT,调pH至8.0)重悬菌体;混匀,加入400mL溶液Ⅱ(配 方:0.2MNaOH,l%SDS,补足双蒸水至1L,备用),轻轻颠倒混匀,放置时间不超过5 min。加入300mL溶液Ⅲ(配方:3MKAc,用冰乙酸调至pH4.8,备用),颠倒混匀。于 12000rpm离心10min,取上清,加入上清2/3体积的异丙醇,于12000rpm4℃低温离心 10min;弃上清,沉淀用70%乙醇洗涤后,于12000rpm4℃低温离心10min。弃上清, 沉淀用30μL去离子水溶解。取5μL电泳检测,得到的阳性克隆子即含有AroAI.vari基因 的重组质粒pGEX-6p-1-AroAI.vari。电泳结果如图2中图2B所示,重组质粒图谱见图5。

    实施例2EPSPS蛋白的表达、纯化与分析

    (1)目的蛋白EPSPS的表达

    将重组质粒pGEX-6p-1-AroAI.vari转化到表达宿主细胞大肠杆菌E.coliBL21(DE3)。 将鉴定阳性克隆子过夜活化,以体积比1%的接种量转接至1L含100μg/mLAmpicillin的 LB液体培养基中,于37℃培养2-3h,直至OD600达到0.6左右,加入诱导剂异丙基-β- D-硫代半乳糖苷(IPTG)终浓度至0.5mM,于22℃,180rpm下培养25h。离心收集菌体, 然后用Hepes缓冲液(配方:50mM4-羟乙基哌嗪乙磺酸(Hepes),2mM二硫苏糖醇 (DTT),调pH至7.0,补足双蒸水至1L,备用)将菌体洗涤一遍,再用50mLHepes缓 冲液悬浮后用高压细胞破碎仪(购自GEANiroSoari公司型号:NSI0012K)破碎细胞。 将细胞破碎液于4℃、12000rpm下离心30min,收集上清。用SDS-PAGE法检测获得的 上清是否含有目的蛋白。

    SDS-PAGE配方如下:

    浓缩胶(5%聚丙烯酰胺),配方如下:

    分离胶(12%聚丙烯酰胺),配方如下:

    取80μL细胞破碎液,加20μL5×蛋白上样缓冲液(6mL1mol/LTris-HCl, pH8.8),20mL10%SDS,50mL50%甘油,5mLβ-巯基乙醇,1mL1%溴酚蓝,加双蒸水至 100mL,备用),沸水浴5min,然后点样10μL电泳检测,SDS-PAGE电泳检测结果见图 3。图3表明,目的蛋白EPSPS在大肠杆菌中得到正确表达,含GST标签和目的蛋白的融 合蛋白,申请人将此融合蛋白命名为GST-EPSPS,其大小约为73kDa,去掉GST标签后 的目的蛋白EPSPS为46kDa,符合预测结果。

    (2)目的蛋白EPSPS的纯化

    本发明利用还原型谷胱甘肽(GST)亲和纯化系统纯化重组蛋白(Nilssonetal.1997), 具体操作步骤(所有操作均在4℃下进行)如下:取1ml柱材料GSHSepharose4B(购自 Amersham-Pharmacia公司)于层析柱中,用50mLHepes缓冲液洗脱平衡;将细胞破碎液 的上清以1.0ml/min的流速过柱;用500mLHepes缓冲液洗脱没有结合的杂蛋白,流速控制 在1.0mL/min以下。再取5μL浓度为10unit/μL的3C蛋白酶(购自Merck公司)与1mL Hepes缓冲液混匀,加入层析柱混匀后放4℃酶解12小时。收集上一步骤中经酶解后含目的 蛋白EPSPS的Hepes缓冲液至1.5ml的离心管中,再加等体积的甘油混合后分装,置于-80℃ 保存(RippertandMatringe2002)。

    (3)目的蛋白EPSPS的浓度定量测定

    采用定量Bradford法(Bradford1976)测定纯化的目的蛋白EPSPS的浓度。具体步骤如 下:用Bradford蛋白定量试剂盒(购自上海生工生物工程有限公司)测定目的蛋白EPSPS 的浓度,按照试剂盒的说明书操作。具体步骤为:取20μL1mg/mL蛋白标准品牛血清蛋白 (购自上海生工生物工程技术有限责任公司)加Hepes缓冲液稀释至100μL,使终浓度为 0.2mg/mL。取稀释后的标准品按0,5,10,15,20,25,30μL分别加到96孔板中,加 Hepes缓冲液补足到1mL,每孔蛋白含量分别为0,5,10,15,20,25,30μg/mL。每组 设计3个平行试验。每孔加入200μLBradfordReagent(Bradford蛋白定量试剂盒自带),混 匀,室温放置5min后用预热的酶标仪(ThermoScientific公司)测定OD595值,绘制标准曲 线,得到如图6所示的蛋白质浓度测定标准曲线,计算样品的蛋白浓度。

    (4)目的蛋白EPSPS的活性测定

    目的蛋白EPSPS活性测定参照文献(Lanzettaetal.1979)报道的无机磷的测定方法。具体 步骤如下:

    无机磷标准曲线的制作:配制10mM的无机磷标准溶液(称取0.2282g K2HPO4·3H2O,用Hepes缓冲液溶解定容至100mL),分别取0-20μL于20个1.5mL离心管 中,加入适量Hepes缓冲液补足至1mL,使20个离心管中无机磷终浓度分别为0-0.2mM.每 管取100μL,于28℃静置3min后,加入0.8mLMAT溶液(现配现用:0.045%孔雀石绿75 mL,4.2%钼酸铵用10mL浓盐酸溶解后定容至25mL,混合后过滤,加入200μLTritonx- 100,备用),室温放置1min后加入0.1mL34%柠檬酸钠溶液,放置30min后取200μL于96 孔板中测定OD660值。设计三个实验组(Jinetal.2007)。以无机磷浓度为横坐标,以OD660为纵坐标作图得到无机磷标准曲线图(见图7)。

    最适温度和最适pH测定::50μL反应体系:1mM莽草酸三磷酸,1mM磷酸烯醇式 丙酮酸(PEP),加入1uL纯化的EPSPS蛋白,加Hepes缓冲液补足到50μL。28℃反应 4min,加入800μLMAT溶液,1min后加入100μL34%柠檬酸钠(SC)溶液,室温放置30 min后,取200μL于96孔板中,用预热的酶标仪测定OD660值。对照组不加莽草酸三磷酸, 设计3个实验组。以与上述50μL体系相同的反应体系在不同温度(0、10、20、30、40、 50、60℃)下反应后测定OD660值并计算反应速度。以温度为横坐标,以相对活性的平均 值为纵坐标作图,得到最适温度测定曲线(见图8A)。用不同pH(4、5、6、7、8、9、 10、11)的Hepes缓冲液配置上述50uL反应体系,反应后测定OD600值并计算反应速度, 以pH值为横坐标,以相对活性为纵坐标作图,得到所示的最适pH测定曲线(见图8B)。

    阳离子对酶活性的影响:50μL反应体系:1mM莽草酸三磷酸,1mM磷酸烯醇式丙酮 酸(PEP),加入1uL纯化的EPSPS蛋白,分别添加KCl、KBr、NacCl、MgSO4、NH4Cl、 K2SO4、CaCl2、MgCl2的盐溶液至终浓度为100mM后测定酶反应速度。离子对酶活性的 影响见图9.

    Km(PEP)测定:将体系中莽草酸三磷酸(S3P)的浓度固定为1mM,在不同PEP浓度 (0.05、0.067、0.1、0.2、0.5、1.0mM)下按上述50μL反应体系测定酶反应速度,以PEP 浓度为横坐标,以反应速度V(U/mg)为纵坐标作图,得到如图10所示的Km(PEP)的测定 结果。

    Km(S3P)测定:将体系中磷酸烯醇式丙酮酸(PEP)的浓度固定为1mM,在不同莽草 酸三磷酸(S3P)浓度(0、0.02、0.05、0.1、0.2、0.4、0.8、1.0mM)下按上述50μL反 应体系测定酶反应速度,以S3P浓度为横坐标,以反应速度V(U/mg)为纵坐标作图, 得到如图11所示的Km(S3P)的测定结果。

    半抑制剂量(IC50)测定:在上述反应体系中添加不同浓度(10-5、10-4、10-3、10-2、 10-1、100、101、100、1000mM)的草甘膦,所得数据以草甘膦浓度为横坐标,采用对数 坐标,以反应速度V(U/mg)为纵坐标作图,得到如图12所示的半抑制剂量IC50值的测 定结果。

    抑制常数Ki(glyphosate)测定:将体系中莽草酸三磷酸(S3P)的浓度固定为1mM,采 用不同PEP浓度(0.067、0.1、0.2、0.5、1.0mM)配制50ul反应体系,不同PEP浓度的体 系中分别添加0.5mM、1mM、2mM、5mM的草甘膦,测定酶反应速度,以草甘膦的浓度 为横坐标,以反应速度V(U/mg)的倒数为纵坐标作图,得到如图13所示的Ki(PEP)的测 定结果。

    实施例3:遗传转化实验(功能互补验证)

    将重组质粒pGEX-6p-1-AroAJ.limo转化到AroA基因缺陷型大肠杆菌感受态细胞(转化过 程参见上述实施例1中转化过程。该菌株不含AroA基因,能够排除一般大肠杆菌中带有的 AroA基因的干扰)(VaithanomsatandBrown2007),分别转接到含0mM、50mM、100 mM,150mM草甘膦的M9液体培养基(配方:Na2HPO46.8g/L,KH2PO43.0g/L,NaCl 0.5g/L,NH4Cl1.0g/L,MgSO4·7H2O0.4929g/L,CaCl20.111g/L,葡萄糖4.0g/L,补 充双蒸水至1L,灭菌前调pH至7.4,在115℃下高压蒸汽灭菌10min)中,测定生长曲线。

    将构建好的重组质粒pGEX-6p-1-AroAI.vari转化到感受态细胞大肠杆菌AroA缺陷型菌株 AB2829,将转化子分别接种到含有含0mM、50mM、100mM,150mM草甘膦的M9液体培 养基中(含100μg/mLAmpicillin),于37℃震荡培养40h。每组设计三个平行实验,每10 h取100μL培养液测定细胞浓度,即OD600值。以培养时间为横坐标,以OD600值为纵坐标 作图,得到的生长曲线如图14所示。

    参考文献

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    一种 分离 丙酮 莽草 磷酸 基因
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