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本发明公开的用于市政污水脱氮除磷的工艺方法,该方法是先将市政污水置于投放有负载微生物磁种和/或磁性菌胶团的生物反应器中进行生物反应处理,然后将获得的混合液送入磁分离器进行一次分离,再在分离后的液体中投加混凝剂反应并进入稀土磁盘分离设备中进行二次分离,分离后形成的磁性活性污泥回流到生物反应器中,出水作为标准排放水排放。由于本发明采用的是生物反应与加药磁分离相结合的工艺,因而投资和运行成本不仅较膜生物。