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1、10申请公布号CN104066852A43申请公布日20140924CN104066852A21申请号201280067841322申请日2012111911190229220111123EPC12Q1/6820060171申请人霍夫曼拉罗奇有限公司地址瑞士巴塞尔申请人VIB研究所生命科学研究合伙研究所72发明人P卡梅利特SL德哈斯D拉姆布雷赫特斯S谢勒74专利代理机构北京市柳沈律师事务所11105代理人张文辉54发明名称对血管发生抑制剂的响应性57摘要本发明涉及测定患者是否更适合通过用血管发生抑制剂，诸如贝伐单抗的疗法治疗的方法，其通过测定VEGFR1基因的基因型进行。本发明进一步涉及包含血。
2、管发生抑制剂，诸如贝伐单抗的药物组合物，其基于VEGFR1基因的基因型治疗患有癌症的患者。本发明进一步涉及基于VEGFR1基因的基因型，通过添加血管发生抑制剂，诸如贝伐单抗改善患有癌症的患者的化学疗法的治疗效果的方法。30优先权数据85PCT国际申请进入国家阶段日2014072386PCT国际申请的申请数据PCT/EP2012/0729532012111987PCT国际申请的公布数据WO2013/076029EN2013053051INTCL权利要求书2页说明书23页序列表1页19中华人民共和国国家知识产权局12发明专利申请权利要求书2页说明书23页序列表1页10申请公布号CN10406685。
3、2ACN104066852A1/2页21一种测定患有癌症或生理学或病理学血管生成异常的患者是否适合通过用血管发生抑制剂的疗法治疗的体外方法，所述血管发生抑制剂包括贝伐单抗或与贝伐单抗结合VEGF上基本上相同表位的抗体，所述方法包括A在自患有癌症或生理学或病理学血管生成异常的患者衍生的样品中测定位于VEGFR1的外显子28中分别与第1213位酪氨酸的TAT密码子和TAC密码子对应的同义T/CSNP处的基因型，并B基于所述基因型，将所述患者鉴定为更适合或不太适合通过用血管发生抑制剂的疗法治疗，所述血管发生抑制剂包括贝伐单抗或与贝伐单抗结合VEGF上基本上相同表位的抗体，其中所述SNP处的每个T等位。
4、基因的存在指示所述患者更适合治疗的可能性升高，或者所述SNP处的每个C等位基因的存在指示所述患者不太适合治疗的可能性升高。2权利要求1的方法，其中根据无进展存活或总体存活是否改善来测定患者是否适合通过用血管发生抑制剂的疗法治疗。3权利要求1至2中任一项的方法，其中所述方法进一步包括通过用血管发生抑制剂的疗法治疗所述患者。4权利要求1至3中任一项的方法，其中所述血管发生抑制剂以与化疗剂或化学治疗方案的共治疗施用。5权利要求1至4中任一项的方法，其中所述血管发生抑制剂与一种或多种选自下组的药剂一起施用紫杉烷类TAXANES、干扰素、5氟尿嘧啶、卡培他滨、亚叶酸、吉西他滨GEMCITABINE、厄洛。
5、替尼和基于铂的化疗剂。6权利要求1至5中任一项的方法，其中所述癌症是胰腺癌、肾细胞癌、结肠直肠癌、乳腺癌或肺癌。7一种包含血管发生抑制剂的药物组合物，用于治疗患有癌症或生理学或病理学血管生成异常的患者，所述血管发生抑制剂包括贝伐单抗或与贝伐单抗结合VEGF上基本上相同表位的抗体，其中依照权利要求1至6中任一项的方法已经将所述患者鉴定为更适合用所述血管发生抑制剂治疗。8一种用于实施权利要求1至6中任一项的方法的试剂盒，其包含能够测定位于VEGFR1的外显子28中分别与第1213位酪氨酸的TAT密码子和TAC密码子对应的同义T/CSNP处的基因型的寡核苷酸。9一种通过添加血管发生抑制剂改善患有癌症。
6、或生理学或病理学血管生成异常的患者的化疗剂或化学治疗方案的治疗效果的方法，所述血管发生抑制剂包括贝伐单抗或与贝伐单抗结合VEGF上基本上相同表位的抗体，所述方法包括A在自患有癌症或生理学或病理学血管生成异常的患者衍生的样品中测定位于VEGFR1的外显子28中分别与第1213位酪氨酸的TAT密码子和TAC密码子对应的同义T/CSNP处的基因型；B基于所述基因型，将所述患者鉴定为更适合通过添加血管发生抑制剂治疗，所述血管发生抑制剂包括贝伐单抗或与贝伐单抗结合VEGF上基本上相同表位的抗体，其中所述SNP处每个T等位基因的存在指示所述患者更适合治疗的可能性升高；并C对依照B鉴定为更适合治疗的患者施用。
7、与化疗剂或化学治疗方案组合的所述血管发生抑制剂。权利要求书CN104066852A2/2页310权利要求9的方法，其中根据无进展存活或总体存活是否改善来测定患者是否适合通过用血管发生抑制剂的疗法治疗。11权利要求9至10中任一项的方法，其中所述血管发生抑制剂与一种或多种选自下组的药剂一起施用紫杉烷类TAXANES、干扰素、5氟尿嘧啶、卡培他滨、亚叶酸、吉西他滨GEMCITABINE、厄洛替尼和基于铂的化疗剂。12权利要求9至11中任一项的方法，其中所述癌症是胰腺癌、肾细胞癌、结肠直肠癌、乳腺癌或肺癌。权利要求书CN104066852A1/23页4对血管发生抑制剂的响应性发明领域0001本发明涉。
8、及用于鉴定哪些患者会最受益于用抗癌剂的治疗及对患者监测其对用抗癌剂治疗的敏感性和响应性的方法。0002发明背景0003血管发生促成良性和恶性疾病，诸如癌症形成，并且特别是在癌症中是原发性肿瘤生长、侵入性和转移必需的。为了生长，肿瘤必须经历血管生成ANGIOGENIC转变。血管内皮生长因子VEGF是诱导此血管生成转变需要的。认为VEGF和VEGF途径中的基因是癌症进展的重要介质。VEGF基因家族包括VEGF基因又称为VEGFA，VEGF的同源物，包括胎盘生长因子PLGF、VEGFB、VEGFC、VEGFD、VEGF受体包括VEGFR1和VEGFR2分别又称为FLT1和FLK1/KDR、VEGF诱。
9、导物包括缺氧诱导型因子HIF1、HIF2、和氧传感物PHD1、PHD2和PHD3。0004此途径在癌细胞生长和转移中的重要性已经导致开发用于癌症疗法的抗血管发生剂。这些疗法包括贝伐单抗BEVACIZUMAB、哌加他尼PEGAPTANIB、舒尼替尼SUNITINIB、索拉非尼SORAFENIB和瓦它尼丁VATALANIB，等等。尽管用血管发生抑制剂诸如贝伐单抗获得的存活显著延长，患者仍死于癌症。此外，不是所有患者都响应血管发生抑制剂疗法。非响应性根本的机制仍然未知。此外，血管发生抑制剂疗法与副作用，诸如胃肠穿孔、血栓形成、出血、高血压和蛋白尿有关。0005因而，需要测定哪些患者特别好地响应血管发。
10、生抑制剂疗法的方法。0006已经在WO2011/015348中描述了VEGFR1基因的一个或多个变体等位基因与抗血管发生治疗的改善结果相关联。WO2011/015348中披露的SNP是RS9554316、RS9582036、RS9513070和RS9554320，而其它SNP通过连锁不平衡鉴定，且因此与这4种SNP连锁。0007发明概述0008已经发现了通过连锁不平衡鉴定并且在WO2011/015348中披露的SNP之一特别可用作血管发生抑制剂，诸如贝伐单抗的治疗后果的预测性生物标志物。0009因此，本发明涉及测定患者更适合还是不太适合通过用血管发生抑制剂诸如贝伐单抗的疗法治疗的方法，其通过测。
11、定位于VEGFR1的外显子28中分别与第1213位酪氨酸的TAT密码子和TAC密码子对应的同义T/CSNP处的基因型进行。本发明还涉及包含血管发生抑制剂诸如贝伐单抗的药物组合物，用于治疗患有癌症并且在位于VEGFR1的外显子28中分别与第1213位酪氨酸的TAT密码子和TAC密码子对应的同义T/CSNP处具有与改善的治疗效果有关的基因型的患者。本发明进一步涉及基于位于VEGFR1的外显子28中分别与第1213位酪氨酸的TAT密码子和TAC密码子对应的同义T/CSNP处的基因型，通过添加血管发生抑制剂诸如贝伐单抗改善患有癌症的患者的化学疗法的治疗效果的方法。0010发明详述00111定义0012。
12、术语“施用”意指对患者施用药物组合物，诸如血管发生抑制剂。例如，根据所治说明书CN104066852A2/23页5疗的癌症类型，可以每周、每2周或每3周施用25MG/KG体重至15MG/KG体重的贝伐单抗具体的剂量包括5MG/KG、75MG/KG、10MG/KG和15MG/KG。甚至更具体的剂量是每2周5MG/KG，每2周10MG/KG和每3周15MG/KG。0013术语“血管发生抑制剂”在本发明的背景中指改变血管发生例如形成血管的过程的所有药剂，并且包括抑制血管发生包括但不限于肿瘤血管发生的药剂。在此背景中，抑制可以指阻断血管的形成并且停止或减缓血管的生长。血管发生抑制剂的例子包括贝伐单抗又。
13、称为哌加他尼、舒尼替尼、索拉非尼和瓦它尼丁。贝伐单抗是一种在体外和体内测定系统中结合并抑制人VEGFA的生物学活性的重组人源化单克隆IGG1抗体。术语“贝伐单抗”涵盖满足在选自美国、欧洲和日本的国家或地区中获得作为相同或生物相似产品的销售授权必需的要求的所有相应的抗VEGF抗体。在本发明的背景中，血管发生抑制剂包括与贝伐单抗结合VEGF上基本上相同表位的抗体，更具体地，与贝伐单抗结合VEGF上的相同表位的抗体。当两种抗体识别相同或空间重叠表位时，抗体与参照抗体结合“基本上相同的表位”。最广泛使用的且快速的用于测定两种表位是否结合相同或空间重叠表位的方法是竞争测定法，其可以使用经标记的抗原或经标。
14、记的抗体配置为多种不同形式。通常，将抗原在96孔板上固定化，并且使用放射性或酶标记物测量未标记的抗体阻断经标记的抗体的结合的能力。0014术语“癌症”指哺乳动物中特征通常为细胞增殖不受调控的生理状况。癌症的例子包括但不限于癌、淋巴瘤、母细胞瘤、肉瘤、和白血病。此类癌症的更具体例子包括鳞状细胞癌、肺癌包括小细胞肺癌、非小细胞肺癌、肺的腺癌、和肺的鳞癌、腹膜癌、肝细胞癌、胃癌GASTRICORSTOMACHCANCER包括胃肠癌、胰腺癌包括转移性胰腺癌、成胶质细胞瘤、宫颈癌、卵巢癌、肝癌LIVERCANCERORHEPATICCARCINOMA、膀胱癌、肝瘤HEPATOMA、乳腺癌包括局部晚期、复。
15、发性或转移性HER2阴性乳腺癌、结肠癌、结肠直肠癌、子宫内膜癌或子宫癌、唾液腺癌、肾癌KIDNEYORRENALCANCER、前列腺癌、外阴癌、甲状腺癌、及各种类型的头和颈癌，以及B细胞淋巴瘤包括低级/滤泡性非何杰金氏淋巴瘤NHL、小淋巴细胞性SLNHL、中级/滤泡性NHL、中级弥漫性NHL、高级成免疫细胞性NHL、高级成淋巴细胞性NHL、高级小无核裂细胞性NHL、贮积病BULKYDISEASENHL、套细胞淋巴瘤、AIDS相关淋巴瘤、和瓦尔登斯特伦氏WALDENSTROM巨球蛋白血症、慢性淋巴细胞性白血病CLL、急性成淋巴细胞性白血病ALL、毛细胞性白血病、慢性成髓细胞性白血病、和移植后淋巴。
16、增殖性病症PTLD、以及与瘢痣病PHAKOMATOSES、水肿诸如与脑瘤有关的和梅格斯氏MEIGS综合征有关的异常血管增殖。0015“生理学或病理学血管生成异常”的例子包括但不限于眼病，诸如年龄相关黄斑变性AMD、高度胶质瘤HIGHGRADEGLIOMA、成胶质细胞瘤、MRENDUOSLER、冯希林二氏病VONHIPPELLINDAUDISEASE、血管瘤、银屑病、卡波西肉瘤KAPOSISSARCOMA、眼新血管化OCULARNEOVASCULARISATION、类风湿性关节炎、子宫内膜异位症ENDOMETRIOSIS、动脉粥样硬化、心肌缺血MYOCHARDIALISCHEMIA、外周缺血PE。
17、RIPHERALISCHEMIA、脑缺血和伤口愈合。0016术语“化疗剂”或“化学治疗方案”包括能提供抗癌治疗效果的任何活性剂，而且可以是化学药剂或生物学药剂，特别是能够干扰癌或肿瘤细胞的化学药剂或生说明书CN104066852A3/23页6物学药剂。具体的活性剂是那些起抗瘤化学毒性或化学抑制性药剂的作用的，其抑制或阻止恶性细胞形成、成熟或增殖。化疗剂的例子包括烷化剂类ALKYLATINGAGENTS诸如氮芥类NITROGENMUSTARDS例如双氯乙基甲胺MECHLORETHAMINE、环磷酰胺CYCLOPHOSPHAMIDE、异环磷酰胺IFOSFAMIDE、美法仑MELPHALAN和苯丁酸。
18、氮芥CHLORAMBUCIL、亚硝脲类NITROSOUREAS例如，卡莫司汀CARMUSTINEBCNU、洛莫司汀LOMUSTINECCNU、和司莫司汀SEMUSTINE甲基CCNU、乙撑亚胺类ETHYLENIMINES/甲基蜜胺类METHYLMELAMINES例如三乙撑蜜胺THRIETHYLENEMELAMINETEM、三乙烯TRIETHYLENE、硫代磷酰胺THIOPHOSPHORAMIDE塞替派THIOTEPA、六甲基蜜胺HEXAMETHYLMELAMINEHMM，六甲蜜胺ALTRETAMINE、磺酸烷基酯类ALKYLSULFONATES例如，白消安BUSULFAN、和三嗪TRIAZIN。
19、ES例如，达卡巴嗪DACARBAZINEDTIC；抗代谢物类ANTIMETABOLITES诸如叶酸类似物例如甲氨蝶呤METHOTREXATE、三甲曲沙TRIMETREXATE、嘧啶类似物例如5氟尿嘧啶、卡培他滨、氟脱氧尿嘧啶、吉西他滨、阿糖胞苷CYTOSINEARABINOSIDEARAC，阿糖胞苷CYTARABINE、5氮胞苷AZACYTIDINE、2,2二氟脱氧胞苷、和嘌呤类似物例如6巯基嘌呤、6硫鸟嘌呤、硫唑嘌呤AZATHIOPRINE、2脱氧助间型霉素DEOXYCOFORMYCIN喷司他丁PENTOSTATIN、红羟基壬基腺嘌呤ERYTHROHYDROXYNONYLADENINE,EH。
20、NA、磷酸氟达拉滨FLUDARABINEPHOSPHATE、和2氯脱氧腺苷克拉屈滨CLADRIBINE，2CDA；自天然产物开发的抗有丝分裂药物例如，帕利他赛PACLITAXEL、长春花生物碱类VINCAALKALOIDS例如，长春碱VINBLASTINE,VLB、长春新碱VINCRISTINE、和长春瑞滨VINORELBINE、多西他赛DOCETAXEL、雌莫司汀ESTRAMUSTINE、和磷酸雌莫司汀、表鬼臼毒素类EPIPODOPHYLOTOXINS例如依托泊苷ETOPOSIDE、替尼泊苷TENIPOSIDE、抗生素例如放射菌素ACTIMOMYCIND、道诺霉素DAUNOMYCIN柔红霉素。
21、RUBIDOMYCIN、DAUNORUBICON、多柔比星DOXORUBICIN、表柔比星EPIRUBICIN、米托蒽醌MITOXANTRONE、伊达比星IDARUBICIN、博来霉素BLEOMYCIN、普卡霉素PLICAMYCIN光神霉素MITHRAMYCIN、丝裂霉素MITOMYCINC、放线菌素ACTINOMYCIN、酶例如L门冬酰胺酶、和生物反应修饰剂BIOLOGICALRESPONSEMODIER例如干扰素、IL2、GCSF、GMCSF；混杂的药剂，包括铂配位复合物例如顺铂、卡铂、奥沙利铂OXALIPLATIN、蒽二酮类ANTHRACENEDIONES例如米托蒽醌MITOXANTRO。
22、NE、取代的脲即，羟基脲HYDROXYUREA、甲基肼METHYLHYDRAZINE衍生物例如N甲基肼MIH、丙卡巴肼PROCARBAZINE、肾上腺皮质抑制剂例如米托坦MITOTANEO,PDDD、氨鲁米特AMINOGLUTETHIMIDE；激素和拮抗剂，包括肾上腺皮质类固醇拮抗剂例如泼尼松PREDNISONE和等同物、地塞米松DEXAMETHASONE、氨鲁米特AMINOGLUTETHIMIDE、妊娠素PROGESTIN例如己酸羟孕酮HYDROXYPROGESTERONECAPROATE、醋酸甲羟孕酮MEDROXYPROGESTERONEACETATE、乙酸甲地孕酮MEGESTROLACE。
23、TATE、雌激素例如己烯雌酚DIETHYLSTILBESTROL、乙炔基雌二醇ETHINYLESTRADIOL及其等同物；抗雌激素例如他莫昔芬TAMOXIFEN、雄激素例如丙酸睾酮TESTOSTERONEPROPIONATE、氟甲睾酮FLUOXYMESTERONE及其等同物、抗雄激素例如氟他胺FLUTAMIDE、促性腺素释放素类似物、亮丙瑞林LEUPROLIDE和非类固醇抗雄激素例如氟他胺FLUTAMIDE、表皮生长因子抑制剂说明书CN104066852A4/23页7例如厄洛替尼ERLOTINIB、拉帕替尼LAPATINIB、吉非替尼GETINIB抗体例如曲妥单抗TRASTUZUMAB、依立替。
24、康IRINOTECAN及其其它药剂诸如亚叶酸LEUCOVORIN。为了治疗转移性胰腺癌，与贝伐单抗一起施用的化疗剂包括吉西他滨和厄洛替尼及其组合还可见本文中提供的实施例。为了治疗肾细胞癌，与贝伐单抗一起施用的化疗剂包括包括干扰素还可见本文中提供的实施例。0017术语“等位基因”指感兴趣基因的核苷酸序列变体。0018术语“基因型”指个体或样品中含有的基因的等位基因的描述。在本发明的上下文中，在个体的基因型和源自个体的样品的基因型之间没有进行区别。虽然通常从二倍体细胞的样品测定基因型，但是可以从单倍体细胞，诸如精子细胞的样品测定基因型。0019术语“寡核苷酸”和“多核苷酸”可互换使用，指由两个或更。
25、多个脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸，优选超过三个构成的分子。其确切的大小会取决于许多因素，其继而取决于寡核苷酸的最终功能或用途。寡核苷酸可以通过合成或者通过克隆得到。脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸的嵌合物也可以在本发明的范围中。0020术语“多态性”指群体中基因的两种或更多种遗传确定备选序列的出现。通常，第一种鉴定的等位形式任意称为参照形式，而其它等位形式称为备选或变体等位基因。在选定群体中最常出现的等位形式有时称为野生型形式。0021术语“单核苷酸多态性”或“SNP”指等位基因间变化的一个核苷酸的位点。单核苷酸多态性可以在基因的任何区域发生。在一些例子中，多态性可以导致蛋白质序列的变化。蛋白质序列的。
26、变化可以影响蛋白质功能或不影响。0022术语“患者”指想要治疗的任何单一动物，更优选哺乳动物包括非人动物，诸如例如犬、猫、马、家兔、动物园动物、牛、猪、绵羊、和非人灵长类。甚至更优选的是，本文中的患者是人。在本发明的背景中，患者可以是高加索裔CAUCASIAN。0023“受试者”在本文中指任何单一人类受试者，包括适于接受治疗的患者，他正经受或者已经经受血管发生性病症的一种或多种体征、症状、或其它指标。意图包括作为受试者的是参与临床研究试验且未显示疾病的任何临床体征的任何受试者，或参与流行病学研究的受试者，或曾经用作对照的受试者。所述受试者可以先前用抗癌剂治疗过，或者没有这样治疗过。受试者可以是。
27、在开始本文中的治疗时未用过所用另一药剂的，即该受试者在“基线”即在本文中治疗方法中施用第一剂抗癌剂之前的一个设定点，诸如开始治疗之前筛选受试者的日子时可以没有用例如抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、细胞毒剂治疗过。这样的“未接触药物”受试者一般认为是用所述另一药剂进行治疗的候选人。0024术语“患有的患者”指就某种恶性疾病诸如癌症、牵涉生理学和病理学血管发生的疾病和/或肿瘤性疾病而言显示临床体征的患者。0025如本文中使用的，术语“疗法”或“治疗/处理”指为了改变所治疗的个体或细胞的天然过程的临床干预，并且可以为了预防或者在临床病理学的过程期间实施。治疗的期望效果包括预防疾病的发生或复发、减轻症状。
28、、减少疾病的任何直接或间接病理学后果、防止转移、降低疾病进展率、改善或减轻疾病状态、和消退或改善的预后。0026术语“治疗效果”涵盖术语“总体存活”和“无进展存活”。0027术语“总体存活”指治疗期间和之后患者存活的时间长度。如技术人员会领会的，如果患者属于具有与另一患者亚群相比统计学显著更长的均值存活时间的患者亚群的话，说明书CN104066852A5/23页8患者的总体存活得到改善或增强。0028术语“无进展存活”指治疗期间和之后依照主治医师或调查人员的评估，患者的疾病没有恶化，即没有进展的时间长度。如技术人员会领会的，如果患者属于与类似处境的患者的对照组的平均或均值无进展存活时间相比更长。
29、的疾病没有进展的时间长度的患者亚组，患者的无进展存活得到改善或增强。0029术语“药物组合物”指处于使得容许药物的生物学活性有效的形式，并且不含对于会接受配制剂施用的受试者而言有不可接受的毒性的其它组分的无菌制剂。00302详细实施方案0031在本发明中，VEGFR1基因中的RS7993418SNP鉴定为用血管发生抑制剂治疗的总体存活OS和/或无进展存活PFS的标志物或预测性生物标志物。术语“标志物”和“预测性生物标志物”可以互换使用，指基因的特定等位基因变体。变异或标志物也可以称为单核苷酸多态性SNP。关于SNP的序列信息及VEGFR1的氨基酸和核酸在NCBI网站上可得到，其使用相应的参照/。
30、登录号得到，例如RS7993418、NP_002010和NM_002019。表1中进一步显示RS7993418的序列信息。在本发明的背景中，术语“VEGFR1”还涵盖其变体和/或同等型。00320033依照本发明的方法，使用自用贝伐单抗的两项III期试验，即AVITA胰腺癌，见VANCUTSEM,JCLINONCOL20092722312237和AVOREN肾癌，见ESCUDIER等,LANCET20073702103衍生的样品分析VEGFR1的SNP。0034如实施例中显示的，VEGFR1中的RS7993418SNP鉴定为以4种标签化SNP，即RS9554316、RS9582036、RS95。
31、13070和RS9554320代表的VEGFR1基因座间的关联和来自AVITA的经贝伐单抗治疗的患者中的PFS和OS根本的功能性变体。此外，RS7993418与AVOREN中经贝伐单抗治疗的患者中的PFS相关联根据等位基因PERALLELEHR18,P0033。在安慰剂受试者中没有看到效果根据等位基因HR08,P049，这提示了RS7993418可以充当用贝伐单抗治疗得到的有利后果的预测性标志物。0035因而，本发明提供了测定患有癌症的患者是否适合通过用血管发生抑制剂的疗法治疗的体外方法，所述血管发生抑制剂包括贝伐单抗或与贝伐单抗结合VEGF上基本上相同表位的抗体，所述方法包括0036A在自患。
32、有癌症的患者衍生的样品中测定位于VEGFR1的外显子28中分别与第1213位酪氨酸的TAT密码子和TAC密码子对应的同义T/CSNP处的基因型，并0037B基于所述基因型，将所述患者鉴定为更适合或不太适合通过用血管发生抑制剂的疗法治疗，所述血管发生抑制剂包括贝伐单抗或与贝伐单抗结合VEGF上基本上相同表位的抗体，其中所述SNP处每个T等位基因的存在指示所述患者更适合治疗的可能性升说明书CN104066852A6/23页9高，或者所述SNP处每个C等位基因的存在指示所述患者不太适合治疗的可能性升高。在一个实施方案中，所述方法进一步包括通过用血管发生抑制剂的疗法治疗患者。0038更具体地，本发明提。
33、供了测定患者是否适合通过用血管发生抑制剂的疗法治疗的体外方法，所述血管发生抑制剂包括贝伐单抗或与贝伐单抗结合VEGF上基本上相同表位的抗体，所述方法包括0039A在自患有癌症的患者衍生的样品中测定位于VEGFR1的外显子28中分别与第1213位酪氨酸的TAT密码子和TAC密码子对应的同义T/CSNP处的基因型，并0040B基于所述基因型，将患者鉴定为更适合或不太适合通过用血管发生抑制剂的疗法治疗，所述血管发生抑制剂包括贝伐单抗或与贝伐单抗结合VEGF上基本上相同表位的抗体，其中所述SNP处TT或TC基因型的存在指示所述患者比在所述SNP处具有CC基因型的患者更适合治疗的可能性升高，或者所述SN。
34、P处CC基因型的存在指示所述患者没有在所述SNP处具有TT或TC基因型的患者适合治疗的可能性升高，或0041B基于所述基因型，将患者鉴定为更适合或不太适合通过用血管发生抑制剂的疗法治疗，所述血管发生抑制剂包括贝伐单抗或与贝伐单抗结合VEGF上基本上相同表位的抗体，其中所述SNP处TT基因型的存在指示所述患者比在所述SNP处具有TC或CC基因型的患者更适合治疗的可能性升高，或者所述SNP处TC或CC基因型的存在指示所述患者没有在所述SNP处具有TT基因型的患者适合治疗的可能性升高。在一个实施方案中，所述方法进一步包括通过用血管发生抑制剂的疗法治疗患者。0042本发明进一步提供了用于治疗患有癌症的。
35、患者的包含血管发生抑制剂的药物组合物，所述血管发生抑制剂包括贝伐单抗或与贝伐单抗结合VEGF上基本上相同表位的抗体，其中通过体外方法已经将患者鉴定为更适合用血管发生抑制剂治疗，所述体外方法包括0043A在自患有癌症的患者衍生的样品中测定位于VEGFR1的外显子28中分别与第1213位酪氨酸的TAT密码子和TAC密码子对应的同义T/CSNP处的基因型，并0044B基于所述基因型，将所述患者鉴定为更适合或不太适合通过用血管发生抑制剂的疗法治疗，所述血管发生抑制剂包括贝伐单抗或与贝伐单抗结合VEGF上基本上相同表位的抗体，其中所述SNP处每个T等位基因的存在指示所述患者更适合治疗的可能性升高，或者所。
36、述SNP处每个C等位基因的存在指示所述患者不太适合治疗的可能性升高。0045更具体地，本发明提供了用于治疗有此需要的患者的包含血管发生抑制剂的药物组合物，所述血管发生抑制剂包括贝伐单抗或与贝伐单抗结合VEGF上基本上相同表位的抗体，其中通过体外方法已经将患者鉴定为更适合用血管发生抑制剂治疗，所述体外方法包括0046A在自患有癌症的患者衍生的样品中测定位于VEGFR1的外显子28中分别与第1213位酪氨酸的TAT密码子和TAC密码子对应的同义T/CSNP处的基因型，并0047B基于所述基因型，将患者鉴定为更适合或不太适合通过用血管发生抑制剂的疗法治疗，所述血管发生抑制剂包括贝伐单抗或与贝伐单抗结。
37、合VEGF上基本上相同表位的抗体，其中所述SNP处TT或TC基因型的存在指示所述患者比在所述SNP处具有CC基因型的患者更适合治疗的可能性升高，或者所述SNP处CC基因型的存在指示所述患者没有在所述SNP处具有TT或TC基因型的患者适合治疗的可能性升高，或说明书CN104066852A7/23页100048B基于所述基因型，将患者鉴定为更适合或不太适合通过用血管发生抑制剂的疗法治疗，所述血管发生抑制剂包括贝伐单抗或与贝伐单抗结合VEGF上基本上相同表位的抗体，其中所述SNP处TT基因型的存在指示所述患者比在所述SNP处具有TC或CC基因型的患者更适合治疗的可能性升高，或者所述SNP处TC或CC。
38、基因型的存在指示所述患者没有在所述SNP处具有TT基因型的患者适合治疗的可能性升高。0049本发明进一步提供通过添加血管发生抑制剂改善患有癌症的患者的化疗剂或化学治疗方案的治疗效果的方法，所述血管发生抑制剂包括贝伐单抗或与贝伐单抗结合VEGF上基本上相同表位的抗体，所述方法包括0050A在自患有癌症或生理学或病理学血管生成异常的患者衍生的样品中测定位于VEGFR1的外显子28中分别与第1213位酪氨酸的TAT密码子和TAC密码子对应的同义T/CSNP处的基因型；0051B基于所述基因型，将所述患者鉴定为更适合通过添加血管发生抑制剂治疗，所述血管发生抑制剂包括贝伐单抗或与贝伐单抗结合VEGF上基。
39、本上相同表位的抗体，其中所述SNP处每个T等位基因的存在指示所述患者更适合治疗的可能性升高；并0052C对依照B鉴定为更适合治疗的患者施用与化疗剂或化学治疗方案组合的所述血管发生抑制剂。0053更具体地，本发明提供了通过添加血管发生抑制剂改善患有癌症的患者的化疗剂或化学治疗方案的治疗效果的方法，所述血管发生抑制剂包括贝伐单抗或与贝伐单抗结合VEGF上基本上相同表位的抗体，所述方法包括0054A在自患有癌症的患者衍生的样品中测定位于VEGFR1的外显子28中分别与第1213位酪氨酸的TAT密码子和TAC密码子对应的同义T/CSNP处的基因型，0055B基于所述基因型，将患者鉴定为更适合或不太适合。
40、通过用血管发生抑制剂的疗法治疗，所述血管发生抑制剂包括贝伐单抗或与贝伐单抗结合VEGF上基本上相同表位的抗体，其中所述SNP处TT或TC基因型的存在指示所述患者比在所述SNP处具有CC基因型的患者更适合治疗的可能性升高，或者所述SNP处CC基因型的存在指示所述患者没有在所述SNP处具有TT或TC基因型的患者适合治疗的可能性升高，或0056B基于所述基因型，将患者鉴定为更适合或不太适合通过用血管发生抑制剂的疗法治疗，所述血管发生抑制剂包括贝伐单抗或与贝伐单抗结合VEGF上基本上相同表位的抗体，其中所述SNP处TT基因型的存在指示所述患者比在所述SNP处具有TC或CC基因型的患者更适合治疗的可能性。
41、升高，或者所述SNP处TC或CC基因型的存在指示所述患者没有在所述SNP处具有TT基因型的患者适合治疗的可能性升高；并0057C对依照B或B鉴定为更适合治疗的患者施用与化疗剂或化学治疗方案组合的所述血管发生抑制剂。0058在一个实施方案中，就PFS或OS是否改善，更具体地PFS是否改善而言测定患者是否适合通过用血管发生抑制剂的疗法治疗。0059在一个实施方案中，癌症选自下组结肠直肠癌、成胶质细胞瘤、肾癌、卵巢癌、乳腺癌、胰腺癌、胃癌和肺癌，更具体地选自下组肾癌和胰腺癌。0060在一个实施方案中，患者可以是诊断为生理学或病理学血管生成异常的患者。0061在一个实施方案中，血管发生抑制剂以与化疗剂。
42、或化学治疗方案的共治疗施说明书CN104066852A108/23页11用。在又一个实施方案中，血管发生抑制剂与一种或多种选自下组的药剂一起施用紫杉烷类TAXANES诸如多西他赛DOCETAXEL和帕利他塞PACLITAXEL、干扰素、5氟尿嘧啶、亚叶酸、吉西他滨GEMCITABINE、厄洛替尼和基于铂的化疗剂，诸如卡铂CARBOPLATIN、顺铂CISPLATIN和奥沙利铂OXALIPLATIN。更具体地，血管发生抑制剂以与选自下组的化疗剂或化学治疗方案的共治疗施用吉西他滨厄洛替尼和干扰素。此外，血管发生抑制剂可以以与放射疗法的共治疗施用。0062在本发明的上下文中，样品是生物学样品，并且可。
43、以是血液和/或组织样品。在一个实施方案中，样品是血液样品，更具体的是外周血样品。在本发明的上下文中，样品是DNA样品。DNA样品可以是种系DNA或体细胞DNA，更特别是种系DNA。0063在一个实施方案中，依靠MALDITOF质谱术测定基因型。在下文关于SNP检测的详细描述外，以下参考文献提供了关于基于MALDITOF质谱术的SNP基因型分型的指导，例如STORM等,METHODSMOLBIOL21224162,2003。00643核酸多态性的检测0065用于对核酸评估SNP存在的检测技术牵涉分子遗传学领域中公知的规程。许多但不是所有方法牵涉核酸扩增。本领域中提供用于实施扩增的充分指导。例示性。
44、的参考文献包括手册，诸如PCRTECHNOLOGYPRINCIPLESANDAPPLICATIONSFORDNAAMPLIFICATIONHAERLICH编,FREEMANPRESS,NY,NY,1992；PCRPROTOCOLSAGUIDETOMETHODSANDAPPLICATIONSINNIS等编,ACADEMICPRESS,SANDIEGO,CALIF,1990；CURRENTPROTOCOLSINMOLECULARBIOLOGY,AUSUBEL,19941999，包括到2004年4月的补充更新；SAMBROOKRUSSELL,MOLECULARCLONING,ALABORATORYM。
45、ANUAL第3版,2001。用于检测单核苷酸多态性的一般方法披露于SINGLENUCLEOTIDEPOLYMORPHISMSMETHODSANDPROTOCOLS,PUIYANKWOK编,2003,HUMANAPRESS。0066虽然方法通常采用PCR步骤，但是也可以使用其它扩增方案。合适的扩增方法包括连接酶链式反应见例如WU和WALLACE,GENOMICS4560569,1988；链置换测定法见例如WALKER等,PROCNATLACADSCIUSA89392396,1992；美国专利NO5,455,166；和几种基于转录的扩增系统，包括美国专利NO5,437,990；5,409,818；。
46、和5,399,491中描述的方法；转录扩增系统TASKWOH等,PROCNATLACADSCIUSA8611731177,1989；和自身持续性序列复制3SRGUATELLI等,PROCNATLACADSCIUSA8718741878,1990；WO92/08800。或者，可以使用将探针扩增至可检测水平的方法，诸如Q复制酶扩增KRAMER和LIZARDI,NATURE339401402,1989；LOMELI等,CLINCHEM3518261831,1989。例如，已知扩增方法的综述由ABRAMSONANDMYERSINCURRENTOPINIONINBIOTECHNOLOGY44147,19。
47、93提供。0067可以使用寡核苷酸引物和/或探针实施个体的基因型、单元型、SNP、微卫星或其它多态性的检测。可以通过任何合适的方法，通常是化学合成制备寡核苷酸。可以使用商品化试剂和仪器合成寡核苷酸。或者，它们可以通过商业来源购得。合成寡核苷酸的方法是本领域中公知的见例如NARANG等,METHENZYMOL689099,1979；BROWN等,METHENZYMOL68109151,1979；BEAUCAGE等,TETRAHEDRONLETT2218591862,1981；及美国专利NO4,458,066的固体支持物方法。另外，可以使用对上文描述的合成方法的修改来在合成的寡核苷酸方面期望地影响。
48、酶性能。例如，可以使用经修饰的磷酸二酯连接例如说明书CN104066852A119/23页12硫代磷酸酯、膦酸甲酯、磷酰胺酯PHOSPHOAMIDATE或硼代磷酸酯BORANOPHOSPHATE或与亚磷酸衍生物不同的连接对寡核苷酸的掺入来防止选择位点处的切割。另外，2氨基修饰的糖的使用在与也作为新核酸链合成的模板的核酸杂交时相对于寡核苷酸的消化有利于置换。0068可以使用本领域中公知的许多检测方法测定个体的基因型。大多数测定法需要几种通用方案之一使用等位基因特异性寡核苷酸的杂交、引物延伸、等位基因特异性连接、测序、或电泳分离技术，例如单链构象多态性SSCP和异源双链体分析。例示性测定法包括5核。
49、酸酶测定法、模板指导的染料终止子掺入、分子灯塔MOLECULARBEACON等位基因特异性寡核苷酸测定法、单碱基延伸测定法、和通过实时焦磷酸盐序列的SNP评分。可以使用多种技术，诸如微芯片、荧光偏振测定法、和MALDITOF基质辅助激光解吸离子化飞行时间质谱术实施扩增序列的分析。也可以使用的两种方法是基于用FLAP核酸酶的侵入性切割的测定法和采用挂锁PADLOCK探针的方法。0069一般通过分析自要分析的个体获得的核酸样品实施特定等位基因的存在或缺乏的测定。经常，核酸样品包含基因组DNA。基因组DNA通常自血液样品获得，但是也可以自其它细胞或组织获得。0070也可能对RNA样品分析多态性等位基因的存在。例如，可以使用MRNA测定一个或多个多态性位点处的个体基因型。在此情况中，核酸样品自表达靶核酸的细胞，例如脂肪细胞获得。此类分析可以如下实施，即首先使用例如病毒逆转录酶将靶RNA逆转录，然后扩增所得的CDNA；或者使用组合的高温逆转录聚合酶链式反应RTPCR，如记载于美国专利NO5,310,652；5,322,770；5,561,058；5,641,864；和5,693,517的。0071简要描述通常使用的用于分析核酸样品以检测SNP的方法。然而，本领域中已知的任何方法可以在本发明中用于检测单核苷酸替代的存在。0072A等位基因特异性。