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本发明提供一种两性离子电色谱柱及其制备方法,原料由两性离子单体、交联剂、离子化合物单体、引发剂和致孔剂组成;将两性离子单体、交联剂和离子化合物单体在引发剂和致孔剂存在下于硅烷化的毛细管中进行聚合反应,制得两性离子电色谱柱。本发明的两性离子电色谱柱能实现在一根电色谱柱上固定相表面同时带有正负两种电荷,可产生较强的电渗流,能解决非极性固定相难于分离极性物质的问题,通透性能好,适用较宽pH范围和高浓度缓。