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本发明公开了一种肝素钠中多硫酸软骨素的分离、检测方法,本发明用快速沉淀法将多硫酸软骨素与肝素钠分离,并进一步对分离所得物通过琼脂糖、电泳进行检测,实现了对肝素钠中含量较低的多硫酸软骨素的检测,灵敏度达到0.1以上。本发明的电泳过程和结果可直接用紫外光灯检测、观察,观察直观,容易判断。电泳后区带易染色,样品极易洗脱,便于定量测定,且制成干膜可长期保存。。