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本发明适用于光学、生物医学、生命科学等领域,提出了以一种基于双通道的多光谱荧光成像显微系统和方法,其中基于双通道的多光谱荧光成像显微系统包括:皮秒脉冲激光器,荧光激发和收集光路,显微物镜,分束镜,双ICCD探测器,控制与处理模块。本发明同时还公布了一种利用所述双通道的多光谱荧光成像显微系统进行多光谱成像的方法。本发明有效的解决了现有的荧光显微镜、荧光寿命成像显微系统,一次探测只能获取单一波长荧光信。