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本发明涉及一种短小芽孢杆菌和免疫增强剂混合制剂,所述的混合制剂的有效成分由短小芽孢杆菌和免疫增强剂组成,所述的短小芽孢杆菌为具有群体感应系统抑制作用的短小芽孢杆菌,保藏编号为CCTCC M 2013240,所述的免疫增强剂为维生素C、黄芪、杜仲、党参、当归、金银花、柴胡、乌梅、石榴皮和五味子。本发明优点在于:能够显著提高鱼体抵抗嗜水气单胞菌的感染能力,增强养殖鱼类的机体免疫力,显著抑制鱼类肠道致病。