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本发明公开了一种菌酶协同发酵豆粕制备活性饲用肽的方法,包括如下步骤:制备协同发酵所用复合酶;制备协同发酵所用复合菌种;将复合酶与复合菌种混合后添加至豆粕中,用温水调节豆粕;将含有水分的豆粕进行分阶段控温发酵;将发酵后形成物料进行后处理制成成品。本发明和现有技术相比所具有的优点是:基本去除了胰蛋白酶抑制剂;豆粕中的大分子蛋白得到了有效降解;最大限度的协同了微生物与酶两者的作用。。