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本发明提供了一种三维交叉阵列透明阻变存储器及其制备方法,所述三维交叉阵列透明阻变存储器包括:第一阻变存储器层区域、第二阻变存储器层区域和介质隔离层,所述介质隔离层设置在所述第一阻变存储器层区域上,所述第二阻变存储器层区域设置在所述介质隔离层上;第一阻变存储器层区域包括第一透明玻璃基底、第一透明氧化物下电极薄膜层、第一透明氧化物阻变层和第一透明氧化物上电极薄膜层;第二阻变存储器层区域包括第二透明氧化。