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本发明公开了一种基于数字指纹的文件安全管控和溯源的方法及系统,所述方法包括文件上传流程:在用户将文件上传到文件服务器时,文件服务器启动自然语言分析程序,对文件文本进行全文扫描和匹配分析,找到可插入数字指纹的位置,生成一张指纹特征位置表,与原始文件共同存储在文件服务器中,同时生成上传下载记录表,记录本次上传的信息;文件下载流程:在用户向文件服务器发起文件下载请求时,文件服务器根据指纹特征位置表的长度。