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本发明以乳清浓缩蛋白和益生元(低聚果糖,低聚半乳糖,低聚果糖和低聚半乳糖的混合物)为壁材,以蛋白酶水解乳清浓缩蛋白获得的乳清蛋白水解物为芯材,制备微胶囊化乳清蛋白水解物。本发明成功解决乳清蛋白水解物苦味严重,吸湿性较高等问题,而且乳清浓缩蛋白和益生元是微胶囊化乳清蛋白水解物的有效壁材。本发明可直接作为功能性食品食用;本发明作为基本配料特别适用于直接添加到婴幼儿配方奶粉中生产部分水解乳清蛋白的婴幼儿。