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本发明涉及一种在土壤中建立的微生物燃料电池去除重金属的系统和方法,该系统自下至上分布有阴极单元(5)、阴极单元导电材料(6)、待处理的目标土壤(2)、阳极单元导电材料(3)、阳极单元(4);外接电路电阻(1)的两端分别通过连接导线接阴极单元导电材料(6)和阳极单元导电材料(3)。本发明利用微生物燃料电池可以去除重金属的特点,在土壤中建立微生物燃料电池,能够有效的在不破坏土壤自身结构和特性的情况下对。