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本发明提供了一种基于光纤传感的扫描探针表面测量系统和测量方法,所述系统包括:光纤位移传感单元,用于检测发射光纤入射到接收光纤的光功率,将光功率转换成电信号输入系统控制单元;光纤对准单元;微悬臂探针单元,用于通过改变弹性微悬臂的位置或弹性形变,调整微探针在样品表面上的位置,并带动微平板测头产生垂直位移,改变入射到接收光纤的光功率;三维扫描单元,用于使样品做三维移动扫描;系统控制单元,用于对上述单元的。