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本发明公开一种数据储存系统、控制器及方法,此系统包括第一储存单元、第二储存单元及控制器。其中,第一储存单元是采用单层式架构,而第二储存单元则是采用多层式架构以记录数据。控制器是耦接至第一储存单元、第二储存单元及主机端,用以控制主机端将第一储存单元设置为主要储存装置,以及将第二储存单元设置为次要储存装置。据此,主机端即可将第一储存单元与第二储存单元视为两个独立的储存装置来储存数据,而简化数据储存的程。