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鮸鱼EST微卫星标记的特异引物及筛选方法.pdf

  • 上传人:Y94****206
  • 文档编号:1261212
  • 上传时间:2018-04-11
  • 格式:PDF
  • 页数:17
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  • 摘要
    申请专利号:

    CN201110192093.9

    申请日:

    2011.07.11

    公开号:

    CN102304511A

    公开日:

    2012.01.04

    当前法律状态:

    终止

    有效性:

    无权

    法律详情:

    未缴年费专利权终止IPC(主分类):C12N 15/11申请日:20110711授权公告日:20121114终止日期:20160711|||授权|||实质审查的生效IPC(主分类):C12N 15/11申请日:20110711|||公开

    IPC分类号:

    C12N15/11; C12Q1/68

    主分类号:

    C12N15/11

    申请人:

    浙江海洋学院

    发明人:

    徐田军; 王日昕; 孙典巧; 孙悦娜

    地址:

    316000 浙江省舟山市定海区文化路105号海科学院

    优先权:

    专利代理机构:

    杭州杭诚专利事务所有限公司 33109

    代理人:

    尉伟敏

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    内容摘要

    本发明属于分子生物学DNA标记技术与应用领域,具体涉及鮸鱼EST微卫星标记的特异引物及筛选方法。所述微卫星标记的特异引物的核苷酸序列分别为SEQIDNO.1至SEQIDNO.20所示。本发明建立了一种筛选方式,可方便快捷的用于做鮸鱼种质资源和遗传多样性的分析,分子种群遗传学、种质资源鉴定、遗传图谱构建和功能基因的研究,进一步用于鮸鱼的分子设计育种和资源调查。

    权利要求书

    1: 鮸鱼 EST 微卫星标记的特异引物, 其特征是所述的特异引物分别为 : Mimi-5-B04 : F:CTACCGCTGCTCTTCG, R:GATGGCTGGTCTACTTCG ; Mimi-13-G10 : F:GCGACAACGCAGACAGGA, R:CTTGGGCGGATGGTAGGA ; Mimi-16-E10 : F:GTTCTTTCACTGGCATCT, R:GCTGTTTCCACCTGTTTT ; Mimi-33-G06 : F:GGTAGGAGACTGGGTGGT, R:CAATGTTTCAGGCAAATGTA ; Mimi-43-H04: F:GCTTCCTGTCCCGTTTAT, R:TTTGCTCCCGTGGGTTAT ; Mimi-40-H12 : F:TCATCAGCACCAGCCTCT, R:CACATCCTCTTACCTCCTATCT ; Mimi-41-E11: F:CCTCCTTCACCTCACCTT, R:ACATCTGTCCAGCCTCT ; Mimi-42-G06: F:TTGTTGTCTCGGTGATGG, R:GACTCCTGCTGTTGCTCC ; Mimi-54-A11 : F:AACCAAAGGGACCAAACG, R:GGAGCAGGCAGGTAAACG ; Mimi-56-G05 : F:AGACACCCGACCAGAACC, R:ACAGCCTCCATCCACAAA。
    2: 一种鮸鱼 EST 微卫星标记的筛选方法, 其特征是首先利用从鮸鱼 cDNA 文库中测序 获得的 EST 序列, 利用微卫星检索软件 Tandem Repeat Finder 进行微卫星位点的查找, 对 于 2-6 个碱基重复单元重复次数依次大于 7, 5, 4, 3, 3 次的微卫星片段进行筛选分离, 从而 得到含有微卫星重复的 ESTs 序列 ; 然后在微卫星重复序列两端的侧翼序列设计特异引物, 并进一步检测优化引物成为微卫星标记 ; 最后对微卫星标记的重复性、 稳定性和多态性进 行综合评价, 得到 EST 微卫星标记, 其中, 所述的筛选到的 EST 微卫星标记的特异引物分别 为: Mimi-5-B04 : F:CTACCGCTGCTCTTCG, R:GATGGCTGGTCTACTTCG ; Mimi-13-G10 : F:GCGACAACGCAGACAGGA, R:CTTGGGCGGATGGTAGGA ; Mimi-16-E10 : F:GTTCTTTCACTGGCATCT, R:GCTGTTTCCACCTGTTTT ; Mimi-33-G06 : F:GGTAGGAGACTGGGTGGT, R:CAATGTTTCAGGCAAATGTA ; Mimi-43-H04: F:GCTTCCTGTCCCGTTTAT, R:TTTGCTCCCGTGGGTTAT ; Mimi-40-H12 : F:TCATCAGCACCAGCCTCT, R:CACATCCTCTTACCTCCTATCT ; Mimi-41-E11: F:CCTCCTTCACCTCACCTT, R:ACATCTGTCCAGCCTCT ; Mimi-42-G06: F:TTGTTGTCTCGGTGATGG, R:GACTCCTGCTGTTGCTCC ; Mimi-54-A11 : F:AACCAAAGGGACCAAACG, R:GGAGCAGGCAGGTAAACG ; Mimi-56-G05 : F:AGACACCCGACCAGAACC, R:ACAGCCTCCATCCACAAA。
    3: 如权利要求 2 所述的一种鮸鱼 EST 微卫星标记的筛选方法, 其特征是所述的特异 引物对鮸鱼进行 PCR 扩增, 其中 : 扩增体系为 : 总体积 20μl, 其中含有内含 1.5mMMg2+ 的 1×PCR buffer, 0.2μM dNTP, 1U Taq 聚合酶, 模板量为 50-100ng ; PCR 反应程序为 : 95° C 变性 5 分钟之后进入循环, 95° C 变性 30 秒, 退火温度退火 30 秒, 72° C 延伸 30 秒, 进行 30 个循环, 最终 72° C 延伸 5 分钟, 各个引物的最佳退火温度在预期退火温度上下浮动 10° C 之间进行优化, 直至预期产物清晰单一。
    4: 如权利要求 2 或 3 所述的一种鮸鱼 EST 微卫星标记的筛选方法, 其特征是所述的特 异引物对鮸鱼进行 PCR 扩增, PCR 产物的检测方法如下 : 扩增得到的产物在用 1.5% 的琼脂 糖凝胶电泳检测扩增特异性后, 再用 6% 的变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离, 然后再用硝酸银 染色系统进行检测, 分析确定多态性。
    5: 如权利要求 4 所述的一种鮸鱼 EST 微卫星标记的筛选方法, 其特征是所述的变性聚 2 丙烯酰胺凝胶电泳主要工艺参数为 : 恒压 1000-1500V、 功率 200W, 电泳 1-2 个小时。
    6: 如权利要求 2 所述的一种鮸鱼 EST 微卫星标记的筛选方法, 其特征是筛选获得重复 性好, 稳定的多态丰富的微卫星标记, 其步骤是根据权利要求 4 中要求的利用至少两个体 分析得到的多态引物, 继续用大量个体检测其重复性和稳定性, 同时得到其多态特征。

    说明书


    鮸鱼 EST 微卫星标记的特异引物及筛选方法

        技术领域 本发明属于分子生物学 DNA 标记技术与应用领域, 具体涉及海洋经济鱼类鮸鱼 (Miichthys miiuy ) EST(Express Sequence Tag, 表达序列标签) 微卫星标记的特异引物 及鮸鱼 EST 微卫星标记的筛选方法。
         背景技术 鮸 鱼 (Miichthys miiuy ),属 脊 索 动 物 门 (Phylum Chordata)、硬 骨 鱼 纲 (Osteichyes)、 鲈形目 (Perciformes)、 石首鱼科 (Sciaenidae )、 鮸鱼属 (Miichthys ), 俗 称米鱼、 黑鮸, 主要分布于西太平洋西部, 包括中国的黄海及东海, 朝鲜和日本南部, 为近海 暖温水性中下层鱼类。鮸鱼肉鲜嫩似黄鱼, 无腥味, 肉质可和野生大黄鱼相媲美, 是海产经 济鱼类之一, 也是经济价值较高的鱼类, 又具有个体大、 生长快、 食性广等诸多优点, 是近海 网箱养鱼优良品种。 遗传改良或品种培育是鮸鱼养殖发展的动力, 研究表明, 遗传变异水平 与生物的生长速度、 抗病能力与生产性状密切相关, 因此, 开发鮸鱼的分子遗传标记, 检测 鮸鱼遗传多样性、 研究其遗传结构, 进而实施分子辅助育种, 对于鮸鱼的育种和养殖都具有 十分重要的意义。
         EST 是通过对 cDNA 文库的克隆子随机测序得到的 DNA 序列, 能反映 mRNA 的信 息, 是功能基因的一部分。与 gSSR 标记相比, 从 EST 序列中筛选微卫星序列 (EST-SSR) 更 经济、 更有特点 : 一方面具有了基因组微卫星标记的优点, 同时又因 EST 是功能基因的表达 片段, 在其中发现的微卫星标记具备直接标记功能基因的优势, 并可能同一些生产性状相 关联, 这些特点对遗传图谱构建以及标记辅助育种都有很高的应用价值。
         利用 EST-SSR, 可能把鮸鱼重要经济性状与之关联, 达到分子辅助育种的目的, 并 可进一步进行鮸鱼功能基因的研究。目前还未见鮸鱼 EST 微卫星标记的研究报道。
         发明内容 本发明旨在提供鮸鱼 EST 微卫星标记的特异引物, 以及利用该特异引物进行鮸鱼 EST 微卫星标记筛选的方法。
         为实现本发明的发明目的, 发明人提供如下技术方案 : 发明人首先提供了鮸鱼 EST 微卫星标记的特异引物, 分别为 : Mimi-5-B04 : F:CTACCGCTGCTCTTCG(SEQ ID NO.1) , R:GATGGCTGGTCTACTTCG(SEQ ID NO.2) ; Mimi-13-G10 : F:GCGACAACGCAGACAGGA(SEQ ID NO.3) , R:CTTGGGCGGATGGTAGGA(SEQ ID NO.4) ; Mimi-16-E10 : F:GTTCTTTCACTGGCATCT(SEQ ID NO.5) , R:GCTGTTTCCACCTGTTTT(SEQ ID NO.6) ; Mimi-33-G06 : F:GGTAGGAGACTGGGTGGT(SEQ ID NO.7) , R:CAATGTTTCAGGCAAATGTA(SEQ ID NO.8) ;
         Mimi-43-H04: F:GCTTCCTGTCCCGTTTAT(SEQ ID NO.9) , R:TTTGCTCCCGTGGGTTAT(SEQ ID NO.10) ; Mimi-40-H12 : F:TCATCAGCACCAGCCTCT (SEQ ID NO.11) , R:CACATCCTCTTACCTCCTATCT (SEQ ID NO.12) ; Mimi-41-E11: F:CCTCCTTCACCTCACCTT(SEQ ID NO.13) , R:ACATCTGTCCAGCCTCT(SEQ ID NO.14) ; Mimi-42-G06: F:TTGTTGTCTCGGTGATGG(SEQ ID NO.15) , R:GACTCCTGCTGTTGCTCC(SEQ ID NO.16) ; Mimi-54-A11 : F:AACCAAAGGGACCAAACG(SEQ ID NO.17) , R:GGAGCAGGCAGGTAAACG(SEQ ID NO.18) ; Mimi-56-G05 : F:AGACACCCGACCAGAACC(SEQ ID NO.19) , R:ACAGCCTCCATCCACAAA(SEQ ID NO.20) 。
         从鮸鱼 ESTs 序列进行微卫星分析的步骤是从发明人实验室测序获得的 EST 序列 中, 利用 Tandem Repeat Finder (TRF) 软件, 参数设计如下 : 按 A、 T、 G、 C 排列组合的重复 单元为 2-6 个核苷酸, 且其最低重复次数分别为 7、 5、 4、 3、 3, 微卫星核心序列的最小长度为 14bp, 以此标准查找分析所得的序列, 获得含有微卫星重复的 EST 序列 ; 利用引物设计软件 Primer Premier5.0 在微卫星两端的侧翼序列设计特异引物。
         对于鮸鱼的 ESTs 设计引物, 其引物设计参数为 : ⑴ 引物长度为 18-25bp; ⑵ GC 含量大于 40% ; ⑶ 退火温度大于 40° C, 且正反引物退火温度相差不超过 5° C ; ⑷ 预期的 PCR 产物长度为 100-300bp ; ⑸尽量避免二级结构。
         本发明还提供了一种鮸鱼 EST 微卫星标记的筛选方法, 首先利用从鮸鱼 cDNA 文库 中测序获得的 EST 序列, 利用微卫星检索软件 Tandem Repeat Finder (TRF) 进行微卫星位 点的查找, 对于 2-6 个碱基重复单元重复次数依次大于 7, 5, 4, 3, 3 次的微卫星片段进行筛 选分离, 从而得到含有微卫星重复的 ESTs 序列 ; 然后在微卫星重复序列两端的侧翼序列设 计特异引物, 并进一步检测优化引物成为微卫星标记 ; 最后对微卫星标记的重复性、 稳定性 和多态性进行综合评价, 得到 EST 微卫星标记, 其中, 所述的筛选到的 EST 微卫星标记的特 异引物分别为 : Mimi-5-B04 : F:CTACCGCTGCTCTTCG(SEQ ID NO.1) , R:GATGGCTGGTCTACTTCG(SEQ ID NO.2) ; Mimi-13-G10 : F:GCGACAACGCAGACAGGA(SEQ ID NO.3) , R:CTTGGGCGGATGGTAGGA(SEQ ID NO.4) ; Mimi-16-E10 : F:GTTCTTTCACTGGCATCT(SEQ ID NO.5) , R:GCTGTTTCCACCTGTTTT(SEQ ID NO.6) ; Mimi-33-G06 : F:GGTAGGAGACTGGGTGGT(SEQ ID NO.7) , R:CAATGTTTCAGGCAAATGTA(SEQ ID NO.8) ; Mimi-43-H04: F:GCTTCCTGTCCCGTTTAT(SEQ ID NO.9) , R:TTTGCTCCCGTGGGTTAT(SEQ ID NO.10) ; Mimi-40-H12 : F:TCATCAGCACCAGCCTCT (SEQ ID NO.11) , R:CACATCCTCTTACCTCCTATCT (SEQ ID NO.12) ;Mimi-41-E11: F:CCTCCTTCACCTCACCTT(SEQ ID NO.13) , R:ACATCTGTCCAGCCTCT(SEQ ID NO.14) ; Mimi-42-G06: F:TTGTTGTCTCGGTGATGG(SEQ ID NO.15) , R:GACTCCTGCTGTTGCTCC(SEQ ID NO.16) ; Mimi-54-A11 : F:AACCAAAGGGACCAAACG(SEQ ID NO.17) , R:GGAGCAGGCAGGTAAACG(SEQ ID NO.18) ; Mimi-56-G05 : F:AGACACCCGACCAGAACC(SEQ ID NO.19) , R:ACAGCCTCCATCCACAAA(SEQ ID NO.20) 。
         作为优选方案, 根据本发明所述的一种鮸鱼 EST 微卫星标记的筛选方法, 其中, 所述的特异引物对鮸鱼进行 PCR 扩增, 其中 : 扩增体系为 : 总体积 20μl, 其中含有内含 2+ 1.5mMMg 的 1×PCR buffer, 0.2μM dNTP, 1U Taq 聚合酶, 模板量为 50-100ng ; PCR 反应程 序为 : 95° C 变性 5 分钟之后进入循环, 95° C 变性 30 秒, 退火温度退火 30 秒, 72° C 延伸 30 秒, 进行 30 个循环, 最终 72° C 延伸 5 分钟, 各个引物的最佳退火温度在预期退火温度 上下浮动 10° C 之间进行优化, 直至预期产物清晰单一。
         作为优选方案, 根据本发明所述的一种鮸鱼 EST 微卫星标记的筛选方法, 其中, 所 述的特异引物对鮸鱼进行 PCR 扩增, PCR 产物的检测方法如下 : 扩增得到的产物在用 1.5% 的琼脂糖凝胶电泳 ( 电压 5-10V/cm, 15-20 分钟 ) 检测扩增特异性后, 再用 6% 的变性聚丙 烯酰胺凝胶电泳 (PAGE) 分离, 然后再用硝酸银染色系统进行检测, 分析确定多态性。 作为更 优选, 所述的变性聚丙烯凝胶电泳主要工艺参数为 : 恒压 1000-1500V、 功率 200W, 电泳 1-2 个小时。
         作为优选方案, 根据本发明所述的一种鮸鱼 EST 微卫星标记的筛选方法, 其中, 筛 选获得重复性好, 稳定的多态丰富的微卫星标记, 其步骤是根据上述筛选方法中要求的利 用至少两个体分析得到的多态引物, 继续用大量个体检测其重复性和稳定性, 同时得到其 多态特征。
         本发明的优点是 : 本发明可方便快捷的用于做鮸鱼种质资源和遗传多样性的分析, 分子种群遗传学、 种 质资源鉴定、 遗传图谱构建和功能基因的研究, 进一步用于鮸鱼的分子设计育种和资源调 查。 附图说明
         图 1 是 Mimi-40-H12 EST-SSR 标记变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测的结果 ; 图 2 是 Mimi-43-H04 EST-SSR 标记变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测的结果 ; 图 3 是 Mimi-33-G06 EST-SSR 标记变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测的结果 ; 图 4 是 Mimi-5-B04 EST-SSR 标记变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测的结果 ; 图 5 是 Mimi-16-E10 EST-SSR 标记变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测的结果 ; 图 6 是 Mimi-42-G06 EST-SSR 标记变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测的结果 ; 图 7 是 Mimi-13-G10 EST-SSR 标记变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测的结果 ; 图 8 是 Mimi-54-A11 EST-SSR 标记变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测的结果 ; 图 9 是 Mimi-56-G05 EST-SSR 标记变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测的结果 ;图 10 是 Mimi-41-E11 EST-SSR 标记变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测的结果。
         具体实施方式
         下面结合实施例和说明书附图, 更具体地说明本发明的内容。 应当理解, 本发明的 实施并不局限于下面的实施例, 对本发明所做的任何形式上的变通和 / 或改变都将落入本 发明保护范围。
         在本发明中, 若非特指, 所有的份、 百分比均为重量单位, 所有的设备和原料等均 可从市场购得或是本行业常用的。若无特别指明, 实施例采用的方法为本领域通用技术。
         主要材料、 试剂和仪器设备 : 眼科剪, 镊子, 1.5ml 离心管, 微量移液器、 微量移液 TM 器枪头。脱氧核糖核苷酸 dNTP, 热聚合 Taq 酶, 小型离心机 (Qspin , BAYGENE) , 涡旋振荡 器 (QL-866 型, QILINEBEIER) , pH 计 (Mettler Toledo 320PH Meter)、 高压蒸气灭菌锅 (SANYO) 、 电泳仪 (DYY-6C 型, 北京六一) 、 电泳仪 (DYY-12C 型, 北京六一) 、 DNA 序列分析电泳 仪 (DYCZ-20C 型, 北京六一) 、 调速多用振荡器 (HY-2 型, 上海国华) 、 水浴锅 (上海精宏) 、 凝胶 成像系统 (Bio-Rad GD2000)、 PCR 仪 (ABI Veriti 96well Thermal Cycler)。 实验样本鮸鱼采集于浙江省海洋水产研究所。
         本发明实施例所用的常规药品苯酚氯仿抽提液 (25:24:1) , 甲醛, 氢氧化钠 (分析 纯) , 硝酸银, 氯化钠 (分析纯) , 尿素, 丙烯酰胺, 甲叉, Tris- 碱, 硼酸, 乙二胺四乙酸 (EDTA) , 过硫酸铵, 十二烷基硫酸钠 (SDS) , 无水乙醇购自国药集团琼脂糖, 溴化乙锭, 去离子甲酰 胺, TEMED, 蛋白酶 K 等购自 Takara 公司, 脱氧核糖核苷酸 dNTP, 热聚合 Taq 酶购自 TIANGEN 公司, 质粒文库测序由华大基因公司完成, 引物由南京金斯瑞生物科技有限公司合成 ; 本发明实施例所用主要仪器包括 : 小型离心机 (QspinTM, BAYGENE) , 涡旋振荡器 (QL-866 型, QILINEBEIER) , pH 计 (Mettler Toledo 320PH Meter)、 高压蒸气灭菌锅 (SANYO) 、 电泳仪 (DYY-6C 型, 北京六一) 、 电泳仪 (DYY-12C 型, 北京六一) 、 DNA 序列分析电泳 仪 (DYCZ-20C 型, 北京六一) 、 调速多用振荡器 (HY-2 型, 上海国华) 、 水浴锅 (上海精宏) 、 凝胶 成像系统 (Bio-Rad GD2000)、 PCR 仪 (ABI Veriti 96well Thermal Cycler)。
         实施例中未注明具体条件的实验方法, 是按照常规条件, 例如 Sambrook 等作者的 分子克隆实验室手册 (New York : Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989) 中所述的 条件, 或按照制造厂商说明书建议的条件。
         实施例 1 1、 微卫星位点的来源和微卫星序列的筛选 从发明人实验室测序获得的 EST 序列, 利用微卫星检测软件 Tandem Repeat Finder (TRF) 进行微卫星位点的查找, 对于 2-6 个碱基重复单元重复次数依次大于 7, 5, 4, 3, 3次 的微卫星片段进行筛选分离, 从而得到含有微卫星重复的 ESTs 序列。利用引物设计软件 Primer Premier5.0 在微卫星两端的侧翼序列设计特异引物。
         2、 微卫星标记引物的设计 在微卫星重复区的侧翼序列利用软件 Primer Premier5.0 设计引物, 引物要求满足以 下条件 : ⑴ 引物长度为 18-25bp; ⑵ GC 含量大于 40% ; ⑶ 退火温度大于 40° C, 且正反引 物退火温度相差不超过 5° C ; ⑷ 预期的 PCR 产物长度为 100-300bp ; ⑸尽量避免二级结
         构。 3、 引物的优化 各引物的最佳退火温度在预期退火温度上下浮动 10° C 之间进行优化, 直至预期目的 产物能被清晰稳定的扩增。 PCR 扩增的反应程序为 : 95° C 变性 5 分钟之后进入循环, 95° C 变性 30 秒, 退火温度退火 30 秒, 72° C 延伸 30 秒, 进行 30 个循环, 最终 72° C 延伸 5 分 钟。反应体系为 : 总体积 20μl, 其中含有 1×PCR buffer(内含 1.5mMMg2+) , 0.2μM dNTP, 1U Taq 聚合酶, 模板量为 50-100ng。模板是随机的两个鮸鱼个体的 DNA 混合池。扩增得到 的产物用 1.5% 的琼脂糖凝胶电泳 -EB 染色系统进行检测, 选择单一或杂带少、 特异性产物 较高的温度作为最佳退火温度。
         4、 微卫星位点的确定 根据步骤 3 中优化的退火温度选取 30 个个体检测这些微卫星标记的多态性。PCR 反 应程序为 : 95° C 变性 5 分钟之后进入循环, 95° C 变性 30 秒, 退火温度退火 30 秒, 72° C 延伸 30 秒, 进行 30 个循环, 最终 72° C 延伸 5 分钟。反应体系为 : 总体积 20μl, 其中含有 2+ 1×PCR buffer (内含 1.5mMMg ) , 0.2μM dNTP, 1UTaq 聚合酶, 模板量为 50-100ng。PCR 扩 增产物用 6% 的变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离, 恒压 1000-1500V, 功率 200W, 电泳 1-2 个小 时, 硝酸银染色系统进行检测, 干燥后分析确定多态性, 最后筛选出 10 个鮸鱼微卫星标记, 这些标记的具体信息如表 1。
         表 1. 开发获得的 10 个鮸鱼 (Miichthys miiuy) 的 EST-SSR 标记实施例 2 1、 提取鮸鱼的 DNA 具体步骤如下 : ⑴剪取少量鮸鱼鳍条组织 30-100mg, 加入 300μl 裂解液 (含 0.2M NaCl, 0.02M Tris-HCl(pH8.0), 1%SDS 和 0.05M EDTA) , 剪刀剪碎后加入终浓度 20mg/ml 的 蛋白酶 K, 55° C 水浴裂解数小时至溶液清澈 ; ⑵完全裂解后加 300μl 苯酚 : 氯仿 : 异戊醇 (25:24:1) 反复颠倒抽提 10-15 分钟, 10000-12000 转 / 分钟离心 10 分钟, 吸取上清 ; ⑶重 复步骤⑵ 3-4 次至上清澄清 ; ⑷加两倍体积冰乙醇沉淀 DNA, 10000-12000 转 / 分钟离心 10 分钟, 弃上清 ; ⑸ 75% 乙醇洗涤沉淀 1-2 次, 晾干, 使乙醇完全挥发, 用 50-100μl TE 或灭菌 的去离子水溶解 DNA, 1% 的琼脂糖凝胶电泳检测后于 -20° C 保存备用。
         2、 PCR 扩增 各 EST-SSR 标记引物的最佳退火温度如表 1 所示, PCR 反应体系为 : 总体积 20μl, 其中含有 1×PCR buffer(内含 1.5mMMg2+) , 0.2μM dNTP, 1U Taq 聚合酶, 模板量为 50-100ng。 反应程序为 : 95° C 变性 5 分钟之后进入循环, 95° C 变性 30 秒, 退火温度退火 30 秒, 72° C 延伸 30 秒, 进行 30 个循环, 最终延伸 5 分钟。扩增产物用 1.5% 的琼脂糖凝胶电泳 -EB 染 色系统进行检测特异性。
         3、 电泳检测 经琼脂糖凝胶电泳检测 ( 电压 5-10V/cm, 15-20 分钟 ), 特异扩增的 PCR 产物加入等体 积变性剂 (含 98% 去离子甲酰胺, 10mM EDTA, 0.25% 溴酚蓝和 0.25% 二甲苯青) , 95° C 变性 8 分钟后快速冷却, 用 6% 的变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离, 恒压 1000-1500V, 功率 200W, 电 泳 1-2 个小时后进行染色和显色, 首先用 70% 的乙醇固定 10 分钟, 水洗 10 分钟, 硝酸银溶 液染色 30 分钟, 水洗 10 秒, 20% 的 NaOH 显色液显色 10 分钟, 水洗 10 分钟。
         干燥后的聚丙烯酰胺凝胶电泳结果如图 1 至图 10 所示。
         尽管发明人已经对本发明的技术方案做了较为详细的阐述和列举, 应当理解, 对 于本领域一个熟练的技术人员来说, 对上述实施例作出修改和 / 或变通或者采用等同的替 代方案是显然的, 都不能脱离本发明精神的实质, 本发明中出现的术语用于对本发明技术 方案的阐述和理解, 并不能构成对本发明的限制。9102304511 A CN 102304517序列表1/5 页SEQUENCE LISTING <110> <120> <130> <160> <170> <210> <211> <212> <213> 浙江海洋学院 鮸鱼 EST 微卫星标记的特异引物及筛选方法 Z110593 20 PatentIn version 3.3 1 16 DNA 人工序列<400> 1 ctaccgctgc tcttcg16<210> <211> <212> <213>2 18 DNA 人工序列<400> 2 gatggctggt ctacttcg18<210> <211> <212> <213>3 18 DNA 人工序列<400> 3 gcgacaacgc agacagga1810102304511 A CN 102304517序列表2/5 页<210> <211> <212> <213>4 18 DNA 人工序列<400> 4 cttgggcgga tggtagga18<210> <211> <212> <213>5 18 DNA 人工序列<400> 5 gttctttcac tggcatct18<210> <211> <212> <213>6 18 DNA 人工序列<400> 6 gctgtttcca cctgtttt18<210> <211> <212> <213>7 18 DNA 人工序列<400> 7 ggtaggagac tgggtggt18<210> <211>8 2011102304511 A CN 102304517序列表3/5 页<212> <213>DNA 人工序列<400> 8 caatgtttca ggcaaatgta20<210> <211> <212> <213>9 18 DNA 人工序列<400> 9 gcttcctgtc ccgtttat18<210> <211> <212> <213>10 18 DNA 人工序列<400> 10 tttgctcccg tgggttat18<210> <211> <212> <213>11 18 DNA 人工序列<400> 11 tcatcagcac cagcctct18<210> <211> <212> <213>12 22 DNA 人工序列12102304511 A CN 102304517序列表4/5 页<400> 12 cacatcctct tacctcctat ct22<210> <211> <212> <213>13 18 DNA 人工序列<400> 13 cctccttcac ctcacctt18<210> <211> <212> <213>14 17 DNA 人工序列<400> 14 acatctgtcc agcctct17<210> <211> <212> <213>15 18 DNA 人工序列<400> 15 ttgttgtctc ggtgatgg18<210> <211> <212> <213>16 18 DNA 人工序列<400> 16 gactcctgct gttgctcc1813102304511 A CN 102304517序列表5/5 页<210> <211> <212> <213>17 18 DNA 人工序列<400> 17 aaccaaaggg accaaacg18<210> <211> <212> <213>18 18 DNA 人工序列<400> 18 ggagcaggca ggtaaacg18<210> <211> <212> <213>19 18 DNA 人工序列<400> 19 agacacccga ccagaacc18<210> <211> <212> <213>20 18 DNA 人工序列<400> 20 acagcctcca tccacaaa18

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