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1、10申请公布号CN102321736A43申请公布日20120118CN102321736ACN102321736A21申请号201010561656222申请日20101125C12Q1/6820060171申请人上海聚类生物科技有限公司地址200333上海市祁连山南路999弄80号801室72发明人曾华宗54发明名称一种查找特定代谢通路MIRNA靶基因的方法57摘要本发明设计了一种MIRNA靶基因的分析方法，查找特定代谢通路下MIRNA的靶基因，以实现在特定方向如癌症、细胞凋亡等方面的MIRNA研究，它包括几个主要步骤步骤一、靶基因分析；步骤二、靶基因GENEONTOLOGY分析；步骤三、。
2、靶基因PATHWAY分析；步骤四、结果分析。51INTCL19中华人民共和国国家知识产权局12发明专利申请权利要求书1页说明书2页附图1页CN102321743A1/1页21本发明所述的一种查找特定代谢通路MIRNA靶基因的方法，他包括如下几步主要特征步骤一、靶基因分析。步骤二、靶基因GENEONTOLOGY分析步骤三、靶基因PATHWAY分析步骤四、结果分析。权利要求书CN102321736ACN102321743A1/2页3一种查找特定代谢通路MIRNA靶基因的方法技术领域0001本发明属于生物技术领域，涉及到特定代谢通路下查找MIRNA靶基因的方面。背景技术0002MIRNA或称为MIC。
3、RORNA，即微小核糖核酸，是一类由内源基因编码的长度约为22个核苷酸的非编码单链RNA核糖核酸分子，在动物和植物中广泛表达。MIRNA的大小约为2123个碱基，已经被鉴别的MIRNA大多是由具有发夹结构的约7090个碱基大小的单链RNA前体经过DICER核糖核酸酶III的一种酶加工后生成，有5磷酸基和3羟基，定位于RNA前体的3端或者5端，广泛存在于高等生物细胞中。因之具有破坏目标特异性基因的转录产物或者诱导翻译抑制的功能，MIRNA被认为在调控发育过程中有重要作用MIRNA的作用机理区别于一般的MRNA信使核糖核酸降解机制。成熟的MIRNA被引导进入沉默复合体RISC中，单链的MIRNA已。
4、不完全互补的方式结合到靶基因转录的MRNA结合位点上，通过碱基的互补配对，抑制蛋白质的翻译，从而调控靶基因表达。这种机制的MIRNA结合位点通常在MRNA的3端非编码区段。0003MIRNA作为一种参与调控基因表达的分子，广泛作用于真核生物的生理、生化作用过程中，这些MIRNAS通过影响靶基因的翻译表达过程，调节了细胞生长，组织分化，因而与生命过程中发育、疾病有关。在MIRNA的相关研究中，MIRNA靶基因研究显得十分重要，目前，基于生物信息学计算方法的MIRNA靶基因查找技术已经相当成熟，利用分析软件可以比较准确的得出目标MIRNA的靶基因以及它们的相互调节通路。0004本发明设计了一种MI。
5、RNA靶基因的分析方法，查找特定代谢通路下MIRNA的靶基因。通过这种方法实现在特定方向如癌症、细胞凋亡等方面的MIRNA研究。发明内容0005本发明所述方法主要用于特定代谢通路下的MIRNA靶基因的查找，通过应用几种生物信息学数据分析软件以及两大数据库0006GENEONTOLOGYHTTP/WWWGENEONTOLOGYORG/和0007PATHWAYHTTP/WWWGENOMEJP/KEGG/PATHWAYHTML实现对MIRNA的准确查找。该方法包括如下几个步骤0008步骤一、靶基因分析。0009步骤二、靶基因GENEONTOLOGY分析0010步骤三、靶基因PATHWAY分析0011。
6、步骤四、结果分析。附图说明0012图1、本发明所述一种查找特定代谢通路MIRNA靶基因的方法的实施流程图。0013实施方式说明书CN102321736ACN102321743A2/2页40014本方法针对给定的目标MIRNA进行分析，其具体的实施方法有下面几个步骤0015步骤一、靶基因分析。本方法中，使用如下三种常用生物信息软件0016PICTAR2005HTTP/PICTARMDCBERLINDE/CGIBIN/PICTAR_VERTEBRATECGIMIRANDAV5HTTP/WWWEBIACUK/ENRIGHTSRV/MICROCOSM/HTDOCS/TARGETS/V5/TARGETS。
7、CAN51HTTP/WWWTARGETSCANORG/0017对给定的MIRNA进行靶基因预测，综合三种软件的预测结果，获得MIRNA所有的靶基因，统计成列表。0018步骤二、靶基因GENEONTOLOGY分析。将步骤一中所得的靶基因分为上调基因和下调基因两个集合，使用RHTTP/WWWRPROJECTORG/统计平台下的GSEABASE软件包，分别向GENEONTOLOGY数据库的各个节点进行映射，计算各个节点的基因数目。0019步骤三、靶基因PATHWAY分析。将步骤一中所得的靶基因分为上调基因和下调基因两个集合，使用GENMAPPV21HTTP/WWWGENMAPPORG/软件，分别向KEGGPATHWAY数据库进行映射，并统计基因在每个PATHWAY中的富集程度ENRICHMENTPVALUE。0020步骤四、结果分析。综合步骤三和步骤四的分析结果，利用给定的代谢通路特征信息如癌症PATHWAYSINCANCER、细胞凋亡APOPTOSIS等，标记出分析结果中对应的代谢通路，并依据代谢通路查找出结果中相关的MIRNA靶基因。0021以上是对本发明的描述而非限定，基于本发明思想的其它实施方式，均在本发明的保护范围之中。说明书CN102321736ACN102321743A1/1页5说明书附图CN102321736A。