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本发明提供了氮化镓基发光二极管外延衬底及其制备方法,包括(1)在衬底上沉积一层低折射率材料的薄膜;(2)用光阻在所述的薄膜上制备掩模图形;(3)通过刻蚀,将光刻胶掩模的图形转移到所述的薄膜上;(4)清洗衬底,去除残留的光阻,其中,所述的衬底为蓝宝石、硅、碳化硅、砷化稼、氧化锌中的一种,薄膜为二氧化硅、氮化硅、氮氧化硅或者二氧化钛等材料中的一种,薄膜厚度为0.1umm3um之间,薄膜折射率小于2.5。