用遗传编码的非天然氨基酸打破免疫耐受.pdf

1、10申请公布号CN101970005A43申请公布日20110209CN101970005ACN101970005A21申请号200980104563222申请日2009020761/065,14820080208US61/065,14720080208US61/065,51520080212US61/065,59020080212US61/135,96920080725US61/135,94720080725US61/137,63520080731US61/137,67620080731US61/203,94820081229US61/203,94720081229USA61K39/3952

2、00601A61K31/198200601A61P37/04200601A61P35/00200601A61P25/28200601C12P21/02200601C12Q1/6820060171申请人斯克利普斯研究院地址美国加利福尼亚州72发明人J格鲁瓦尔德曹梦麟R佩尔拉RA勒纳VV斯米德尔PG舒尔茨74专利代理机构上海专利商标事务所有限公司31100代理人韦东54发明名称用遗传编码的非天然氨基酸打破免疫耐受57摘要本发明包括通过给予具有一个或多个非天然氨基酸的靶标部分的抗原性形式和/或通过给予具有一个或多个非天然氨基酸的靶标部分之一的抗体产生和/或增强对象对靶标部分如疾病相关部分的的免疫应答

3、的方法和组合物，所述抗体与所述天然靶标部分发生交叉反应。30优先权数据85PCT申请进入国家阶段日2010080686PCT申请的申请数据PCT/US2009/0008132009020787PCT申请的公布数据WO2009/099672EN2009081351INTCL19中华人民共和国国家知识产权局12发明专利申请权利要求书12页说明书77页附图28页CN101970005A1/12页21一种在对象中产生或增强针对靶标部分的免疫应答的方法，所述方法包括提供非天然免疫原，其中非天然免疫原包含一个或多个非天然氨基酸；以及将非天然免疫原给予对象，其中所述对象产生针对非天然免疫原的一种或多种抗体，

4、其中所述抗体针对靶标部分产生交叉反应；从而产生或增强针对靶标部分的免疫应答。2如权利要求1所述方法，其特征在于，所述免疫应答包括B细胞介导的应答和/或T细胞介导的应答。3如权利要求1所述方法，其特征在于，所述提供非天然免疫原包括在正交翻译系统中产生非天然免疫原。4如权利要求1所述方法，其特征在于，所述提供非天然免疫原包括在体外翻译系统中产生非天然免疫原。5如权利要求1所述方法，其特征在于，所述非天然免疫原包含20种天然产生的经典氨基酸之一以外的非天然氨基酸。6如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述非天然免疫原通过除了对免疫原中20种天然产生的经典氨基酸之一进行化学修饰的工艺产生。7如权利要求

5、1所述的方法，其特征在于，所述非天然免疫原通过除了对免疫原中20种天然产生的经典氨基酸之一进行翻译后修饰的工艺产生。8如权利要求1所述方法，其特征在于，所述对象选自人、猴、小鼠、大鼠、猪、奶牛、鸡、笼中鸟、鸟舍鸟、爬行动物和两栖动物。9如权利要求1所述方法，其特征在于，所述靶标部分包含多肽。10如权利要求1所述方法，其特征在于，所述靶标部分包含多肽和/或碳水化合物。11如权利要求1所述方法，其特征在于，所述靶标部分是对象自身部分。12如权利要求11所述方法，其特征在于，所述靶标部分是疾病相关部分。13如权利要求12所述方法，其特征在于，所述自身部分选自以下一种或多种自身免疫病相关自身抗原，肿瘤

6、相关抗原，阿耳茨海默病相关抗原，淀粉样蛋白40，淀粉样蛋白42，乳腺癌相关抗原，卵巢癌相关抗原，前列腺癌相关抗原，MAGE，BAGE，RAGE，NYESO，谱系特异性肿瘤相关抗原，黑色素细胞黑色素瘤谱系抗原，MART1/MELANA，酪氨酸酶或酪氨酸酶相关蛋白质，酪氨酸酶相关蛋白质2，PSMA，PSA，突变的RAS，重排的BCR/AB1，HER2/NEU，突变或野生型P53，细胞色素P4501B1，N乙酰葡糖胺基转移酶V的异常表达的内含子序列，CA199，P53，OCAA，HOXB7，CAL25，PSA，PSMA，STEAP，PCTA1，CA153，EGF，EGFR，HER1，CXCR4，G蛋

7、白偶联受体GCPR或CA2729。14如权利要求1所述方法，其特征在于，所述靶标部分并非对象的自身部分。15如权利要求14所述方法，其特征在于，所述靶标部分来自于细菌、病毒、真菌、支原体、原生动物、蠕虫、或朊病毒。16如权利要求15所述方法，其特征在于，所述靶标部分选自于下列一种或多种细菌抗原，病毒抗原，真菌抗原，支原体抗原，原生动物抗原，蠕虫抗原，朊病毒抗原，HIV抗原，HIVGP120，HIVGP41，HIVGAG，HIVPOL，HIVENV，HIVTAT，HIVNEF，HIVREV，杯状病毒衣壳抗原，乙型肝炎核心抗原，乙型肝炎表面抗原，丁型肝炎试剂，单纯疱疹病毒糖蛋白，水痘带状疱疹病毒糖

8、蛋白，流感病毒血凝素，流感病毒神经氨酸酶，流感病毒核蛋白，HPV衣壳蛋权利要求书CN101970005A2/12页3白，副流感病毒血凝素/神经氨酸酶，脊髓灰质炎病毒衣壳多肽，HEPA抗原，牛痘病毒多肽，狂犬病病毒糖蛋白G，BBURGDORFERI的OSPA，B型流感嗜血杆菌外膜蛋白，结核分枝杆菌脂阿拉伯甘露糖，结核分枝杆菌MAPG，酿脓链球菌M蛋白，肺炎链球菌荚膜多糖，鼠疫耶尔森菌F1，鼠疫耶尔森菌V抗原，恶性疟原虫环孢子体PFCSP，恶性疟原虫孢子体表面蛋白2PFSSP2，恶性疟原虫肝脏分级抗原1羧基末端PFLSA1C末端，恶性疟原虫输出蛋白质1PFEXP1，PFS48/45，PFS28，P

9、FS25或PFS230。17如权利要求15所述方法，其特征在于，所述靶标部分选自下列一种或多种细菌，病毒，真菌，支原体，原生动物，蠕虫，朊病毒，放线菌，芽孢杆菌，类杆菌，波氏杆菌，巴尔通体，包柔氏螺旋体菌，布鲁氏菌，弯曲杆菌，二氧化碳噬纤维菌，衣原体，梭菌，棒状杆菌，考克斯氏体，潜蚤，肠球菌，埃立克体，大肠杆菌，弗朗西斯氏菌，梭杆菌，血巴尔通氏体，嗜血杆菌，缠绕杆菌，克雷白氏杆菌，L型细菌，钩端螺旋体，李斯特菌，分枝杆菌，支原体，奈瑟氏菌，新立克次氏体，诺卡氏菌，巴氏杆菌，消化球菌，消化链球菌，肺炎球菌，变形杆菌，假单胞菌，立克次氏体，罗克利马体，沙门氏菌，痢疾杆菌，金黄色葡萄球菌，链球菌，螺

10、旋体，耶尔森氏菌，腺病毒，甲病毒，杯状病毒，冠状病毒，巨细胞病毒，犬瘟热病毒，埃博拉病毒，肠病毒，EB病毒，黄病毒，丙型肝炎病毒，嗜肝DNA病毒，乙型肝炎病毒，肝炎病毒，戊型或己型肝炎病毒，GBVC，疱疹病毒，单纯疱疹病毒，水痘带状疱疹病毒，免疫缺陷病毒，艾滋病毒，传染性腹膜炎病毒，流感病毒，A型流感病毒，白血病病毒，马尔堡病毒，正粘病毒，乳头瘤病毒，HPV，副流感病毒，副粘病毒，RSV，细小病毒，瘟病毒，小核糖核酸病毒，脊髓灰质炎病毒，痘病毒，牛痘病毒，狂犬病病毒，呼肠病毒，逆转录病毒，轮状病毒，犁头霉，支顶孢，链格孢，曲霉，一蛙粪霉菌，双极霉，子囊酵母，念珠菌，假丝酵母，一耳霉，隐球菌，叶

11、枯病菌，表皮癣菌，外瓶霉，地丝菌，组织胞浆菌，马杜拉分支菌，马拉色菌，小孢子菌，小丛梗孢，被孢霉，毛霉，拟青霉，青霉，单胞瓶霉，瓶霉，绿藻，足肿菌，假小托菌，腐霉，鼻孢子虫，根霉，线状担子菌，孢子丝菌，匍柄霉，毛癣菌，毛孢子菌，木丝霉，巴贝斯虫，结肠小袋纤毛虫，孢子虫，隐孢子虫，艾美虫，脑胞内原虫，内阿米巴，贾第虫，哈蒙德虫，肝簇虫等孢子球虫，利什曼虫，微孢子虫，新孢子虫，微孢子虫，五鞭毛虫，疟原虫，恶性疟原虫，肺囊虫，肉孢子虫，血吸虫，泰来虫，弓形体，锥虫，棘唇虫，猫圆线虫，钩虫，管圆线虫，蛔虫，布鲁格氏丝虫，仰口线虫，毛细线虫，夏氏线虫，古柏线虫，环体线虫，网尾线虫，膨结虫，棘唇线虫，绦虫

12、，复孔绦虫，恶丝虫，龙线虫，蛲虫，类丝虫，血矛线虫，兔唇蛔虫，洛阿多肽，曼森线虫，缪勒线虫，侏形吸虫，钩虫，细颈线虫，结节线虫，盘尾虫，后睾吸虫，胃线虫，副丝虫，肺吸虫，副蛔虫，泡翼线虫，原圆虫，腹腔丝虫，旋尾线虫，宫绦虫，冠丝虫，类圆线虫，圆线虫，吸吮线虫，弓蛔线虫，弓首蛔虫，旋毛虫，虹膜钩虫，鞭虫属，钩虫，或吴策线虫。18如权利要求1所述方法，其特征在于，所述靶标部分包含第一氨基酸序列，所述非天然免疫原包含第二氨基酸序列，其中所述第二序列与第一序列相同，除了第一序列中的一个或多个天然氨基酸在第二序列中被替换为一个或多个非天然氨基酸。19如权利要求1所述方法，其特征在于，所述靶标部分包含第一

13、氨基酸序列，并且所述非天然免疫原包含第二氨基酸序列，其中所述第二氨基酸序列与第一氨基酸序列相同，除了第二氨基酸序列还包含一个或多个另外的非天然氨基酸序列。20如权利要求1所述方法，其特征在于，所述一种或多种交叉反应抗体对于靶标部分的表位具有特异性，其中所述表位与对应的非天然免疫原表位相比，包含相同的序列。权利要求书CN101970005A3/12页421如权利要求1所述方法，其特征在于，所述一种或多种交叉反应抗体对于靶标部分的表位具有特异性，其中所述表位与对应的非天然免疫原表位相比，包含不同的序列。22如权利要求21所述方法，其特征在于，所述对应的非天然免疫原表位上的序列包含一个或多个非天然氨

14、基酸。23如权利要求1所述方法，其特征在于，所述一个或多个非天然氨基酸可被抗体接近。24如权利要求1所述方法，其特征在于，所述非天然免疫原包含与靶标部分基本相似的结构。25如权利要求1所述方法，其特征在于，所述非天然免疫原包含与靶标部分基本相似的三级和/或四级结构。26如权利要求1所述方法，其特征在于，所述非天然氨基酸是除20种经典氨基酸以外的氨基酸，并且所述非天然氨基酸包含如下结构其中R是除20种经典天然氨基酸中任一种所用侧链之外的任何取代基；其中R1是20种经典的天然氨基酸中的一种所用的取代基；其中R2是任何取代基，使R2R1一起组成不同于20种经典天然氨基酸中任一种的侧链；其中Z是OH，

15、NH2，SH，NHR或SR；其中R是除H之外的任何取代基；并且其中X和Y各自是S或O。27如权利要求1所述方法，其特征在于，所述非天然氨基酸选自对硝基苯丙氨酸；邻硝基苯丙氨酸；间硝基苯丙氨酸；对硼羰基PHE；邻硼羰基PHE；间硼羰基PHE；对氨基PHE；邻氨基PHE；间氨基PHE；对酰基PHE；邻酰基PHE；间酰基PHE；对OMEPHE；邻OMEPHE；间OMEPHE；对磺基PHE；邻磺基PHE；间磺基PHE；5硝基HIS；3硝基TYR；2硝基TYR；硝基取代的LEU；硝基取代的HIS；硝基取代的ILE；硝基权利要求书CN101970005A4/12页5取代的TRP；2硝基TRP；4硝基TRP

16、；5硝基TRP；6硝基TRP；7硝基TRP；3氨基酪氨酸，2氨基酪氨酸，O磺基酪氨酸，2硫氧基苯丙氨酸，3硫氧基氧基苯丙氨酸或对羧基苯丙氨酸，邻羧基苯丙氨酸和间羧基苯丙氨酸。28如权利要求12所述方法，其特征在于，所述靶标部分是TNF。29如权利要求28所述方法，其特征在于，所述对象是小鼠，所述靶标部分是MTNF，并且所述免疫原是非天然MTNF。30如权利要求29所述方法，其特征在于，所述非天然MTNF包含PNO2PHE86MTNF。31如权利要求29所述方法，其特征在于，所述非天然MTNF选自PNO2PHE11MTNF、PNO2PHE19MTNF、PNO2PHE21MTNF、PNO2PHE4

17、2MTNF、PNO2PHE49MTNF、PNO2PHE104MTNF以及PNO2PHE113MTNF。32如权利要求28所述方法，其特征在于，所述对象是人，所述靶标部分是HTNF，并且免疫原是HTNF。33如权利要求28所述方法，其特征在于，所述非天然HTNF选自PNO2PHE11HTNF、PNO2PHE19HTNF、PNO2PHE21HTNF、PNO2PHE42HTNF、PNO2PHE49HTNF、PNO2PHE87HTNF、PNO2PHE105HTNF以及PNO2PHE114HTNF。34一种预防性或治疗性处理对象疾病状态的方法，所述方法包括给予对象非天然免疫原，所述免疫原包含一个或多个非

18、天然氨基酸，并且非天然免疫原刺激对象中抗体的产生，其中所述抗体与对象中的一种或多种靶标部分交叉反应，或者针对对象体内与疾病状态相关的一种或多种靶标部分。35一种预防性或治疗性处理对象中疾病状态的方法，所述方法包括产生针对一种或多种靶标部分的抗体，此类产生包括制造针对非天然免疫原的抗体，所述非天然免疫原包含一个或多个非天然氨基酸，并且所述抗体针对靶标部分交叉反应；并且，将抗体给予对象。36如权利要求34或35所述方法，其特征在于，所述预防性或治疗性处理包括在对象中引起B细胞介导的应答和/或T细胞介导的应答。37如权利要求34或35所述的方法，其特征在于，所述非天然免疫原在正交翻译系统中产生。38

19、如权利要求34或35所述的方法，其特征在于，所述非天然免疫原在体外翻译系统中产生。39如权利要求34或35所述的方法，其特征在于，所述非天然免疫原不包含经翻译后修饰或化学修饰的氨基酸。40如权利要求34或35所述的方法，其特征在于，所述非天然免疫原包含20种天然产生的经典氨基酸之一以外的非天然氨基酸。41如权利要求34或35所述的方法，其特征在于，所述非天然免疫原通过除了对免疫原中20种天然产生的经典氨基酸之一进行化学修饰之外的工艺产生。42如权利要求34或35所述的方法，其特征在于，所述非天然免疫原通过除了对免疫原中20种天然产生的经典氨基酸之一进行翻译后修饰之外的工艺产生。43如权利要求3

20、4或35所述的方法，其特征在于，所述疾病状态是自身免疫病、癌症、权利要求书CN101970005A5/12页6细菌感染、病毒感染、真菌感染、支原体感染、朊病毒感染、原生动物感染或放线菌感染。44如权利要求34或35所述的方法，其特征在于，所述对象选自人、猴、小鼠、大鼠、猪、奶牛、鸡、笼中鸟、鸟舍鸟、爬行动物和两栖动物。45如权利要求34或35所述的方法，其特征在于，所述靶标部分包含多肽。46如权利要求34或35所述的方法，其特征在于，所述靶标部分包含多肽和/或碳水化合物。47如权利要求34或35所述的方法，其特征在于，所述靶标部分是对象自身部分。48如权利要求34或35所述的方法，其特征在于，

21、所述靶标部分是疾病相关部分。49如权利要求48所述的方法，其特征在于，所述靶标部分选自于下列一种或多种自身免疫病相关自身抗原、肿瘤相关抗原、阿耳茨海默病相关抗原、淀粉样蛋白40、淀粉样蛋白42、乳腺癌相关抗原、卵巢癌相关抗原、前列腺癌相关抗原、MAGE、BAGE、RAGE、NYESO、谱系特异性肿瘤相关抗原、黑色素细胞黑色素瘤谱系抗原、MART1/MELANA、酪氨酸酶或酪氨酸酶相关蛋白质、酪氨酸酶相关蛋白质2、PSMA、PSA、突变的RAS、重排的BCR/AB1、HER2/NEU、突变或野生型P53、细胞色素P4501B1、N乙酰葡糖胺基转移酶V的异常表达的内含子序列、CA199、P53、O

22、CAA、HOXB7、CAL25、PSA、PSMA、STEAP、PCTA1、CA153、EGF、EGFR、HER1、CXCR4、G蛋白偶联受体GCPR或CA2729。50如权利要求34或35所述的方法，其特征在于，所述靶标部分不是对象自身部分。51如权利要求50所述方法，其特征在于，所述靶标部分来自于细菌，病毒，真菌，支原体，原生动物，蠕虫，或朊病毒。52如权利要求51所述的方法，其特征在于，所述靶标部分选自于下列一种或多种细菌抗原、病毒抗原、真菌抗原、支原体抗原、原生动物抗原、蠕虫抗原、朊病毒抗原、HIV抗原、HIVGP120、HIVGP41、HIVGAG、HIVPOL、HIVENV、HIVT

23、AT、HIVNEF、HIVREV、杯状病毒衣壳抗原、乙型肝炎核心抗原、乙型肝炎表面抗原、丁型肝炎试剂、单纯疱疹病毒糖蛋白、水痘带状疱疹病毒糖蛋白、流感病毒血凝素、流感病毒神经氨酸酶、流感病毒核蛋白、HPV衣壳蛋白、副流感病毒血凝素/神经氨酸酶、脊髓灰质炎病毒衣壳多肽、HEPA抗原、牛痘病毒多肽、狂犬病病毒糖蛋白G、BBURGDORGERI的OSPA、B型流感嗜血杆菌外膜蛋白、结核分枝杆菌脂阿拉伯甘露糖、结核分枝杆菌MAPG、酿脓链球菌M蛋白、肺炎链球菌荚膜多糖、鼠疫耶尔森菌F1、鼠疫耶尔森菌V抗原、恶性疟原虫环孢子体PFCSP、恶性疟原虫孢子体表面蛋白2PFSSP2、恶性疟原虫肝脏分级抗原1羧

24、基末端PFLSA1C末端、恶性疟原虫输出蛋白质1PFEXP1、PFS48/45、PFS28、PFS25或PFS230。53如权利要求51所述的方法，其特征在于，所述靶标部分选自下列一种或多种细菌、病毒、真菌、支原体、原生动物、蠕虫、朊病毒、放线菌、芽孢杆菌、类杆菌、波氏杆菌、巴尔通体、包柔氏螺旋体菌、布鲁氏菌、弯曲杆菌、二氧化碳噬纤维菌、衣原体、梭菌、棒状杆菌、考克斯氏体、潜蚤、肠球菌、埃立克体、大肠杆菌、弗朗西斯氏菌、梭杆菌、血巴尔通氏体、嗜血杆菌、缠绕杆菌、克雷白氏杆菌、L型细菌、钩端螺旋体、李斯特菌、分枝杆菌、支原体、奈瑟氏菌、新立克次氏体、诺卡氏菌、巴氏杆菌、消化球菌、消化链球菌、肺炎

25、球菌、变形杆菌、假单胞菌、立克次氏体、罗克利马体、沙门氏菌、痢疾杆菌、金黄色葡萄球菌、链球菌、螺旋体、耶尔森氏菌、腺病毒、甲病毒、杯状病毒、冠状病毒、巨细胞病毒、犬瘟热病毒、埃博拉病毒、肠病毒、EB病毒、黄病毒、丙型肝炎病毒、嗜肝DNA病毒、乙型肝炎病毒、肝炎病毒、戊型或权利要求书CN101970005A6/12页7己型肝炎病毒、GBVC、疱疹病毒、单纯疱疹病毒、水痘带状疱疹病毒、免疫缺陷病毒、艾滋病毒、传染性腹膜炎病毒、流感病毒、A型流感病毒、白血病病毒、马尔堡病毒、正粘病毒、乳头瘤病毒、HPV、副流感病毒、副粘病毒、RSV、细小病毒、瘟病毒、小核糖核酸病毒、脊髓灰质炎病毒、痘病毒、牛痘病毒

26、、狂犬病病毒、呼肠病毒、逆转录病毒、轮状病毒、犁头霉、支顶孢、链格孢、曲霉、一蛙粪霉菌、双极霉、子囊酵母、念珠菌、假丝酵母、一耳霉、隐球菌、叶枯病菌、表皮癣菌、外瓶霉、地丝菌、组织胞浆菌、马杜拉分支菌、马拉色菌、小孢子菌、小丛梗孢、被孢霉、毛霉、拟青霉、青霉、单胞瓶霉、瓶霉、绿藻、足肿菌、假小托菌、腐霉、鼻孢子虫、根霉、线状担子菌、孢子丝菌、匍柄霉、毛癣菌、毛孢子菌、木丝霉、巴贝斯虫、结肠小袋纤毛虫、孢子虫、隐孢子虫、艾美虫、脑胞内原虫、内阿米巴、贾第虫、哈蒙德虫、肝簇虫、等孢子球虫、利什曼虫、微孢子虫、新孢子虫、微孢子虫、五鞭毛虫、疟原虫、恶性疟原虫、肺囊虫、肉孢子虫、血吸虫、泰来虫、弓形体

27、、锥虫、棘唇虫、猫圆线虫、钩虫、管圆线虫、蛔虫、布鲁格氏丝虫、仰口线虫、毛细线虫、夏氏线虫、古柏线虫、环体线虫、网尾线虫、膨结虫、棘唇线虫、绦虫、复孔绦虫、恶丝虫、龙线虫、蛲虫、类丝虫、血矛线虫、兔唇蛔虫、洛阿多肽、曼森线虫、缪勒线虫、侏形吸虫、钩虫、细颈线虫、结节线虫、盘尾虫、后睾吸虫、胃线虫、副丝虫、肺吸虫、副蛔虫、泡翼线虫、原圆虫、腹腔丝虫、旋尾线虫、宫绦虫、冠丝虫、类圆线虫、圆线虫、吸吮线虫、弓蛔线虫、弓首蛔虫、旋毛虫、虹膜钩虫、鞭虫属、钩虫、或吴策线虫。54如权利要求34或35所述的方法，其特征在于，所述靶标部分包含第一氨基酸序列，所述非天然免疫原包含第二氨基酸序列，其中所述第二序列

28、与第一序列相同，除了第一序列中的一个或多个天然氨基酸在第二序列中被替换为一个或多个非天然氨基酸。55如权利要求34或35所述的方法，其特征在于，所述靶标部分包含第一氨基酸序列，并且所述非天然免疫原包含第二氨基酸序列，其中所述第二氨基酸序列与第一氨基酸序列相同，除了第二氨基酸序列还包含一个或多个另外的非天然氨基酸序列。56如权利要求34或35所述的方法，其特征在于，所述一种或多种交叉反应抗体对于靶标部分的表位具有特异性，其中所述表位与对应的非天然免疫原表位相比，包含相同的序列。57如权利要求34或35所述的方法，其特征在于，所述一种或多种交叉反应抗体对于靶标部分的表位具有特异性，其中所述表位与对

29、应的非天然免疫原表位相比，包含不同的序列。58如权利要求57所述方法，其特征在于，所述对应的非天然免疫原表位上的序列包含一个或多个非天然氨基酸。59如权利要求34或35所述的方法，其特征在于，所述一个或多个非天然氨基酸可被抗体接近。60如权利要求34或35所述的方法，其特征在于，所述免疫原包含与靶标部分基本相似的结构。61如权利要求60所述的方法，其特征在于，所述免疫原包含与靶标部分基本相似的三级和/或四级结构。62如权利要求34或35所述的方法，其特征在于，所述非天然氨基酸是除20种经典氨基酸以外的氨基酸，并且所述非天然氨基酸包含如下结构权利要求书CN101970005A7/12页8其中R是

30、除20种经典天然氨基酸中任一种所用侧链之外的任何取代基；其中R1是20种经典的天然氨基酸中一种所用的取代基；其中R2是任何取代基，使R2R1一起组成不同于20种经典天然氨基酸中任一种的侧链；其中Z是OH，NH2，SH，NHR或SR；其中R是除H之外的任何取代基；并且其中X和Y各自是S或O。63如权利要求所述的方法，其特征在于，所述非天然氨基酸是对硝基苯丙氨酸。64如权利要求34或35所述的方法，其特征在于，所述非天然氨基酸选自对硝基苯丙氨酸；邻硝基苯丙氨酸；间硝基苯丙氨酸；对硼羰基PHE；邻硼羰基PHE；间硼羰基PHE；对氨基PHE；邻氨基PHE；间氨基PHE；对酰基PHE；邻酰基PHE；间酰

31、基PHE；对OMEPHE；邻OMEPHE；间OMEPHE；对磺基PHE；邻磺基PHE；间磺基PHE；5硝基HIS；3硝基TYR；2硝基TYR；硝基取代的LEU；硝基取代的HIS；硝基取代的ILE；硝基取代的TRP；2硝基TRP；4硝基TRP；5硝基TRP；6硝基TRP；7硝基TRP；3氨基酪氨酸，2氨基酪氨酸，O磺基酪氨酸，2硫氧基苯丙氨酸，3硫氧基氧基苯丙氨酸或对羧基苯丙氨酸，邻羧基苯丙氨酸和间羧基苯丙氨酸。65如权利要求34或35所述的方法，其特征在于，所述靶标部分是TNF。66如权利要求65所述方法，其特征在于，所述靶标部分选自于下列一种或多种内毒素休克、脑疟疾、自身免疫病、多器官功能衰

32、竭、多发性硬化症、心脏功能障碍、动脉粥样硬化、缺血再灌注损伤、胰岛素抵抗、类风湿关节炎、克罗恩病、炎性肠病、恶病质、感染性休克、艾滋病、移植物抗宿主病、杀菌肉芽肿、成人呼吸窘迫综合症、二氧化硅致肺纤维化。67如权利要求65所述的方法，其特征在于，所述对象是小鼠，所述靶标部分是MTNF，并且所述免疫原是非天然MTNF。68如权利要求67所述的方法，其特征在于，所述非天然MTNF包含权利要求书CN101970005A8/12页9PNO2PHE86MTNF。69如权利要求67所述方法，其特征在于，所述非天然MTNF选自PNO2PHE11MTNF、PNO2PHE19MTNF、PNO2PHE21MTNF

33、、PNO2PHE42MTNF、PNO2PHE49MTNF、PNO2PHE104MTNF以及PNO2PHE113MTNF。70如权利要求65所述方法，其特征在于，所述对象是人，所述靶标部分是HTNF，并且免疫原是HTNF。71如权利要求70所述方法，其特征在于，所述非天然HTNF选自PNO2PHE11HTNF、PNO2PHE19HTNF、PNO2PHE21HTNF、PNO2PHE42HTNF、PNO2PHE49HTNF、PNO2PHE87HTNF、PNO2PHE105HTNF以及PNO2PHE114HTNF。72一种生产疫苗的方法，所述方法包括鉴定抗体疗法的靶标部分，其中所述靶标部分不包含非天然

34、氨基酸；提供非天然免疫原，其中所述非天然免疫原包含一个或多个非天然氨基酸，并且所述非天然免疫原与靶标部分结构相似，当给予对象时，对象产生针对非天然免疫原的与靶标部分交叉反应的抗体；以及，将非天然免疫原与一种或多种药学上可接受的佐剂、载体或赋形剂混合，由此产生疫苗。73如权利要求72所述方法，其特征在于，所述提供非天然免疫原包括在正交翻译系统中产生非天然免疫原。74如权利要求72所述方法，其特征在于，所述提供非天然免疫原包括在体外翻译系统中产生非天然免疫原。75如权利要求72所述方法，其特征在于，所述非天然免疫原包含20种天然产生的经典氨基酸之一以外的非天然氨基酸。76如权利要求72所述方法，其

35、特征在于，所述非天然免疫原通过除了对免疫原中20种天然产生的经典氨基酸之一进行化学修饰以外的工艺产生。77如权利要求72所述方法，其特征在于，所述非天然免疫原通过除了对免疫原中20种天然产生的经典氨基酸之一进行翻译后修饰以外的工艺产生。78如权利要求72所述方法，其特征在于，所述对象选自人、猴、小鼠、大鼠、猪、奶牛、鸡、笼中鸟、鸟舍鸟、爬行动物和两栖动物。79如权利要求72所述方法，其特征在于，所述靶标部分包含多肽。80如权利要求72所述方法，其特征在于，所述靶标部分包含多肽和/或碳水化合物。81如权利要求72所述方法，其特征在于，所述靶标部分是对象自身部分。82如权利要求72所述方法，其特征

36、在于，所述靶标部分是疾病相关部分。83如权利要求82所述方法，其特征在于，所述靶标部分选自于下列一种或多种自身免疫病相关自身抗原、肿瘤相关抗原、阿耳茨海默病相关抗原、淀粉样蛋白40、淀粉样蛋白42、乳腺癌相关抗原、卵巢癌相关抗原、前列腺癌相关抗原、MAGE、BAGE、RAGE、NYESO、谱系特异性肿瘤相关抗原、黑色素细胞黑色素瘤谱系抗原、MART1/MELANA、酪氨酸酶或酪氨酸酶相关蛋白质、酪氨酸酶相关蛋白质2、PSMA、PSA、突变的RAS、重排的BCR/AB1、HER2/NEU、突变或野生型P53、细胞色素P4501B1、N乙酰葡糖胺基转移酶V的异常表达的内含子序列、CA199、P53

37、、OCAA、HOXB7、CAL25、PSA、PSMA、STEAP、PCTA1、CA153、EGF、权利要求书CN101970005A9/12页10EGFR、HER1、CXCR4、G蛋白偶联受体GCPR或CA2729。84如权利要求72所述方法，其特征在于，所述靶标部分并非对象的自身部分。85如权利要求84所述方法，其特征在于，所述靶标部分来自于细菌，病毒，真菌，支原体，原生动物，蠕虫，或朊病毒。86如权利要求85所述方法，其特征在于，所述靶标部分选自于下列一种或多种细菌抗原，病毒抗原，真菌抗原，支原体抗原，原生动物抗原，蠕虫抗原，朊病毒抗原，HIV抗原，HIVGP120，HIVGP41，HIV

38、GAG，HIVPOL，HIVENV，HIVTAT，HIVNEF，HIVREV，杯状病毒衣壳抗原，乙型肝炎核心抗原，乙型肝炎表面抗原，肝炎病毒试剂，单纯疱疹病毒糖蛋白，水痘带状疱疹病毒糖蛋白，流感病毒血凝素，流感病毒神经氨酸酶，流感病毒核蛋白，HPV衣壳蛋白，副流感病毒血凝素/神经氨酸酶，脊髓灰质炎病毒衣壳多肽，HEPA抗原，牛痘病毒多肽，狂犬病病毒糖蛋白G，BBURGDORFERI的OSPA，B型流感嗜血杆菌外膜蛋白，结核分枝杆菌脂阿拉伯甘露糖，结核分枝杆菌MAPG，酿脓链球菌M蛋白，肺炎链球菌荚膜多糖，鼠疫耶尔森菌F1，鼠疫耶尔森菌V抗原，恶性疟原虫环孢子体PFCSP，恶性疟原虫孢子体表面蛋

39、白2PFSSP2，恶性疟原虫肝脏分级抗原1羧基末端PFLSA1C末端，恶性疟原虫输出蛋白质1PFEXP1，PFS48/45，PFS28，PFS25或PFS230。87如权利要求85所述方法，其特征在于，所述靶标部分选自下列一种或多种细菌、病毒、真菌、支原体、原生动物、蠕虫、朊病毒、放线菌、芽孢杆菌、类杆菌、波氏杆菌、巴尔通体、包柔氏螺旋体菌、布鲁氏菌、弯曲杆菌、二氧化碳噬纤维菌、衣原体、梭菌、棒状杆菌、考克斯氏体、潜蚤、肠球菌、埃立克体、大肠杆菌、弗朗西斯氏菌、梭杆菌、血巴尔通氏体、嗜血杆菌、缠绕杆菌、克雷白氏杆菌、L型细菌、钩端螺旋体、李斯特菌、分枝杆菌、支原体、奈瑟氏菌、新立克次氏体、诺卡

40、氏菌、巴氏杆菌、消化球菌、消化链球菌、肺炎球菌、变形杆菌、假单胞菌、立克次氏体、罗克利马体、沙门氏菌、痢疾杆菌、金黄色葡萄球菌、链球菌、螺旋体、耶尔森氏菌、腺病毒、甲病毒、杯状病毒、冠状病毒、巨细胞病毒、犬瘟热病毒、埃博拉病毒、肠病毒、EB病毒、黄病毒、丙型肝炎病毒、嗜肝DNA病毒、乙型肝炎病毒、肝炎病毒、戊型或己型肝炎病毒、GBVC、疱疹病毒、单纯疱疹病毒、水痘带状疱疹病毒、免疫缺陷病毒、艾滋病毒、传染性腹膜炎病毒、流感病毒、A型流感病毒、白血病病毒、马尔堡病毒、正粘病毒、乳头瘤病毒、HPV、副流感病毒、副粘病毒、RSV、细小病毒、瘟病毒、小核糖核酸病毒、脊髓灰质炎病毒、痘病毒、牛痘病毒、狂

41、犬病病毒、呼肠病毒、逆转录病毒、轮状病毒、犁头霉、支顶孢、链格孢、曲霉、一蛙粪霉菌、双极霉、子囊酵母、念珠菌、假丝酵母、一耳霉、隐球菌、叶枯病菌、表皮癣菌、外瓶霉、地丝菌、组织胞浆菌、马杜拉分支菌、马拉色菌、小孢子菌、小丛梗孢、被孢霉、毛霉、拟青霉、青霉、单胞瓶霉、瓶霉、绿藻、足肿菌、假小托菌、腐霉、鼻孢子虫、根霉、线状担子菌、孢子丝菌、匍柄霉、毛癣菌、毛孢子菌、木丝霉、巴贝斯虫、结肠小袋纤毛虫、孢子虫、隐孢子虫、艾美虫、脑胞内原虫、内阿米巴、贾第虫、哈蒙德虫、肝簇虫、等孢子球虫、利什曼虫、微孢子虫、新孢子虫、微孢子虫、五鞭毛虫、疟原虫、恶性疟原虫、肺囊虫、肉孢子虫、血吸虫、泰来虫、弓形体、锥

42、虫、棘唇虫、猫圆线虫、钩虫、管圆线虫、蛔虫、布鲁格氏丝虫、仰口线虫、毛细线虫、夏氏线虫、古柏线虫、环体线虫、网尾线虫、膨结虫、棘唇线虫、绦虫、复孔绦虫、恶丝虫、龙线虫、蛲虫、类丝虫、血矛线虫、兔唇蛔虫、洛阿多肽、曼森线虫、缪勒线虫、侏形吸虫、钩虫、细颈线虫、结节线虫、盘尾虫、后睾吸虫、胃线虫、副丝虫、肺吸虫、副蛔虫、泡翼线虫、原圆虫、腹腔丝虫、旋尾线虫、宫绦虫、冠丝虫、类圆线虫、圆线虫、吸吮线虫、弓蛔权利要求书CN101970005A10/12页11线虫、弓首蛔虫、旋毛虫、虹膜钩虫、鞭虫属、钩虫、或吴策线虫。88如权利要求72所述的方法，其特征在于，所述靶标部分包含第一氨基酸序列，所述非天然免

43、疫原包含第二氨基酸序列，其中所述第二序列与第一序列相同，除了第一序列中的一个或多个天然氨基酸在第二序列中被替换为一个或多个非天然氨基酸。89如权利要求72所述方法，其特征在于，所述靶标部分包含第一氨基酸序列，并且所述非天然免疫原包含第二氨基酸序列，其中所述第二氨基酸序列与第一氨基酸序列相同，除了第二氨基酸序列还包含一个或多个另外的非天然氨基酸序列。90如权利要求72所述方法，其特征在于，所述一种或多种交叉反应抗体对于靶标部分的表位具有特异性，其中所述表位与对应的非天然免疫原表位相比，包含相同的序列。91如权利要求72所述方法，其特征在于，所述一种或多种交叉反应抗体对于靶标部分的表位具有特异性，

44、其中所述表位与对应的非天然免疫原表位相比，包含不同的序列。92如权利要求91所述方法，其特征在于，所述对应的非天然免疫原表位上的序列包含一个或多个非天然氨基酸。93如权利要求72所述方法，其特征在于，所述一个或多个非天然氨基酸可被抗体接近。94如权利要求72所述方法，其特征在于，所述非天然免疫原包含与靶标部分基本相似的结构。95如权利要求94所述方法，其特征在于，所述非天然免疫原包含与靶标部分基本相似的三级和/或四级结构。96如权利要求72所述方法，其特征在于，所述非天然氨基酸是除20种经典氨基酸以外的氨基酸，并且所述非天然氨基酸包含如下结构权利要求书CN101970005A11/12页12其

45、中R是除20种经典天然氨基酸中任一种所用侧链之外的任何取代基；其中R1是20种经典的天然氨基酸中一种所用的取代基；其中R2是任何取代基，使R2R1一起组成不同于20种经典天然氨基酸中任一种的侧链；其中Z是OH，NH2，SH，NHR或SR；其中R是除H之外的任何取代基；并且其中X和Y各自是S或O。97如权利要求72所述方法，其特征在于，所述非天然氨基酸选自对硝基苯丙氨酸；邻硝基苯丙氨酸；间硝基苯丙氨酸；对硼羰基PHE；邻硼羰基PHE；间硼羰基PHE；对氨基PHE；邻氨基PHE；间氨基PHE；对酰基PHE；邻酰基PHE；间酰基PHE；对OMEPHE；邻OMEPHE；间OMEPHE；对磺基PHE；邻

46、磺基PHE；间磺基PHE；5硝基HIS；3硝基TYR；2硝基TYR；硝基取代的LEU；硝基取代的HIS；硝基取代的ILE；硝基取代的TRP；2硝基TRP；4硝基TRP；5硝基TRP；6硝基TRP；7硝基TRP；3氨基酪氨酸，2氨基酪氨酸，O磺基酪氨酸，2硫氧基苯丙氨酸，3硫氧基氧基苯丙氨酸或对羧基苯丙氨酸，邻羧基苯丙氨酸和间羧基苯丙氨酸。98如权利要求72所述方法，其特征在于，所述靶标部分是TNF。99如权利要求98所述的方法，其特征在于，所述对象是小鼠，所述靶标部分是MTNF，并且所述非免疫原是非天然MTNF。100如权利要求99所述方法，其特征在于，所述非天然MTNF包含PNO2PHE86

47、MTNF。101如权利要求99所述方法，其特征在于，所述非天然MTNF选自PNO2PHE11MTNF、PNO2PHE19MTNF、PNO2PHE21MTNF、PNO2PHE42MTNF、PNO2PHE49MTNF、PNO2PHE104MTNF以及PNO2PHE113MTNF。102如权利要求98所述方法，其特征在于，所述对象是人，所述靶标部分包含HTNF，并且免疫原包含HTNF。103如权利要求102所述方法，其特征在于，所述非天然HTNF选自PNO2PHE11HTNF、PNO2PHE19HTNF、PNO2PHE21HTNF、PNO2PHE42HTNF、PNO2PHE49HTNF、PNO2PH

48、E87HTNF、PNO2PHE105HTNF以及PNO2PHE114HTNF。104一种由权利要求72所述方法产生的疫苗。105一种在细胞种产生非天然TNF的方法，其中所述非天然TNF包含PNO2PHE86TNF，所述方法包含在合适培养基中培养细胞，其中所述细胞包含在86位氨基酸含有至少一个选择性密码子的核酸，并且所述核酸编码TNF；并且，提供PNO2PHE；其中所述细胞还包含识别选择性密码子的正交TRNAOTRNA；以及，优选用PNO2PHE氨酰化OTRNA并在选择者密码子的作用下将PNO2PHE掺入氨基酸86位，从而产生非天然TNF的正交氨酰基TRNA合成酶ORS。106一种非天然TNF，

49、所述TNF包含PNO2PHE86MTNF。107一种非天然TNF，所述TNF包含选自下组的TNFPNO2PHE11MTNF、PNO2PHE19MTNF、PNO2PHE21MTNF、PNO2PHE42MTNF、PNO2PHE49MTNF、PNO2PHE104MTNF和PNO2PHE113MTNF。108一种非天然TNF，所述TNF包含选自下组的TNFPNO2PHE11HTNF、权利要求书CN101970005A12/12页13PNO2PHE19HTNF、PNO2PHE21HTNF、PNO2PHE42HTNF、PNO2PHE49HTNF、PNO2PHE87HTNF、PNO2PHE105HTNF和PNO2PHE114HTNF。109一种组合物，其包含权利要求106、107或108所述的非天然TNF。110一种抗权利要求106、107或108所述的非天然TNF的抗体。111一种抗权利要求106、107或108所述的非天然TNF的抗体，所述抗体能与不含非天然氨基酸的TNF发生交叉反应。112一种组合物，其包含权利要求110或111所述的抗体。113